Phenotypic and genotypic CHARacteristics of antimicrobial resistant gram-negative bacteria isolated from pet animals and feedstuffs /
Marwa Mohammed Fathi Abd-Elatif,
Phenotypic and genotypic CHARacteristics of antimicrobial resistant gram-negative bacteria isolated from pet animals and feedstuffs / الخصائص الظاهرية والجينية للبكتريا سالبة الجرام المقاومة للمضادات الميكروبية المعزولة من الحيوانات الأليفة والأعلاف By Marwa Mohammed Fathi Abd-Elatif ; Supervision Prof.Dr.Khaled Farouk El-Amry, Prof.Dr.Ahmed Samir Shehata, Prof.Dr.Sherif Abd El-Monem Marouf, Prof.Dr.Aisha Ragab Ali. - 96 p. : illustrations ; 25cm+ CD
Thesis (Ph.D)-Cairo University,2022.
Bibliography: p. 73-95.
Animal feed is highly susceptible to the introduction of bacteria throughout the
entire production process. In this study, a total of 2948 samples collected from
(2100 pet food, 100 pets’ fecal swabs of diseased and apparently healthy dogs and
cats, 227 feed additives, 367 fish meal, 29 wastes of poultry slaughter house meal, 47 calves milk replacer, 41 beet gain, 37 bone meal) were submitted to the
serology unit, Animal Health Research Institute (AHRI), Dokki, Giza, Egypt from
2017 to 2020. Only 1570 Out of 2948 examined pet animal and animal feedstuff
samples (53.3%) were positive to the isolated Gram-negative bacteria,the
incidence of isolated Gram negative bacteria among the collected sample types
were identified biochemically to E coli, Salmonella sp., Proteus sp, Klebsiella sp.,ersinia enterocolitica, Pseudomonas sp, Citrobacter sp, Enterobater cloacae, Aeromonas hydrophila. E coli isolates were the highest isolated Gram negative
bacteria. The antimicrobial sensitivity test revealed that 80% of Salmonellae were
resistant to Cefotaxime and Colistin sulphate while 50%, 30%, and 20% of isolates
were resistant to Gentamicin, Tetracycline, and Cefepime respectively, while 40%
of Salmonellae were resistant to Chloramphenicol, Enrofloxacin, and Amoxicillin- clavulanate. Also 60% of Salmonellae showed resistance to Trimethoprim
sulfamethoxazole and Ciprofloxacin. Detection of Extended-spectrum ß-lactamase
resistance genes (blaTEM, blaSHV, and blaCTX-M) in Pets using Polymerase chain
reaction (PCR) showed the presence of blaTEM and blaSHV genes in all tested
isolates in 12 samples out of 12 (100%) and has shown that the ratio of blaCTX-M is
5 out of 12samples (41.6 %).It is desirable for laboratories to maintain bacterial
strains in culture for extended periods of time for research purposes. Moreover, evaluation of the survival rate of these species of microorganisms after different
preservation time (3, 6, 9 and 12 months) on soft agar, PBS with glycerol and
cryopreservation in preservation temperature (4, -20 and -80°C) showed that the
lowest survival rate after preservation on soft agar tubes preserved in 4°C, followed by preservation on phosphate buffer saline with glycerol preserved in - 20°C, while the recovery rate after cryopreservation in -80°C were 100% for all
isolates. The method described for preservation of Gram negative bacteria was a
simple and economically useful for laboratories not equipped with the lyophilizer
or ultra-low freezer. يعتبر العلف الحيواني مصدر لتواجد البكتريا أثناء عملية الانتاج. فى هذه الدراسة تم تجميع 2948 عينة مقسمة كالأتي:(2100 أغذية الحيوانات المنزلية-100 مسحات شرجية من القطط والكلاب المريضة والسليمة ظاهريا-227 اضافات أعلاف- 367 علف سمك - 29 مخلفات مجازر دواجن-47 بدائل ألبان للعجول-41 كسب بنجر- 37 علف عظم) وقد تم احضاره لوحدة السيرولوجي-معهد بحوث الصحة الحيوانية-الدقى-الجيزة-مصر، وقد تبين أن 1570 من 2948 عينة كانت ايجابية للبكتيريا سالبة الجرام (53.3%) وقد تم تحديد أنواع البكتريا السالبة الجرام المعزولة بيوكيميائيا إلي: الميكروب القولوني، السالمونيلا، البروتياس،الكليبسيلا، اليرسينيا انتيروكوليتيكا، السودوموناس، السيتروباكتر، الانتيروباكتر كولواكي، الايروموناس هيدروفيلا، وكان الميكروب القولوني هو أعلي نسبة عزل من بين الميكروبات سالبة الجرام، ولقد أظهرت الدراسة أن 80% من السالمونيلا كانت مقاومة للسيفوتاكسيم والكولستين سلفات بينما 50% و 30% و 20% من المعزولات مقاومة للجنتاميسين والتتراسيكلين والسيفيبيم علي التوالي، بينما كان 40% من السالمونيلا مقاومة للكلورامفينيكول والانروفلوكساسين والاموكسيسيلين، وكذلك وجدنا أن 60% من السالمونيلا مقاومة للترايميثوبريم سلفاميثاكزول والسيبروفلوكساسين. وتم عمل اختبار البلمرة المتسلسل للكشف عن جينات المقاومة بيتا لاكتاميز واسعة الانتشار ل 12 معزول بكتيري من الحيوانات المنزلية ووجد أن جينين موجودين بنسبة 100% بينما وجد جين في 5 معزولات فقط (41.6%)، ولما كان من المرغوب فيه لدي المعامل الاحتفاظ بالعترات البكتيرية لفترات طويلة للأغراض البحثية المختلفة، فقد تم تقييم معدل بقاء المعزولات البكتيرية التي تم حفظها علي مدار (3 و6و9و 12 شهر) علي الأجار وأملاح الفوسفات بالجلسرين والحفظ بالتبريد في درجات حرارة مختلفة( 4% و-20% و-80%)، وقد أظهرت الدراسة أقل معدل للبقاء بعد الحفظ على الأجار المحفوظ في درجة حرارة 4م، ثم يليه الحفظ على أملاح الفوسفات بالجليسرين في -20م بينما كان معدل بقاء المعزولات المحفوظة بالتبريد في درجة حرارة -80 م 100% لكل المعزولات وتبين أن الطرق الموصوفة لحفظ الميكروبات سالبة الجرام بسيطة واقتصادية ومفيدة للمعامل الغير مجهزة بجهاز التجفيد أو جهاز التبريد عالي الانخفاض
Text in English and abstract in Arabic & English.
Animal feedstuffs
Salmonella serovars
636.0855
Phenotypic and genotypic CHARacteristics of antimicrobial resistant gram-negative bacteria isolated from pet animals and feedstuffs / الخصائص الظاهرية والجينية للبكتريا سالبة الجرام المقاومة للمضادات الميكروبية المعزولة من الحيوانات الأليفة والأعلاف By Marwa Mohammed Fathi Abd-Elatif ; Supervision Prof.Dr.Khaled Farouk El-Amry, Prof.Dr.Ahmed Samir Shehata, Prof.Dr.Sherif Abd El-Monem Marouf, Prof.Dr.Aisha Ragab Ali. - 96 p. : illustrations ; 25cm+ CD
Thesis (Ph.D)-Cairo University,2022.
Bibliography: p. 73-95.
Animal feed is highly susceptible to the introduction of bacteria throughout the
entire production process. In this study, a total of 2948 samples collected from
(2100 pet food, 100 pets’ fecal swabs of diseased and apparently healthy dogs and
cats, 227 feed additives, 367 fish meal, 29 wastes of poultry slaughter house meal, 47 calves milk replacer, 41 beet gain, 37 bone meal) were submitted to the
serology unit, Animal Health Research Institute (AHRI), Dokki, Giza, Egypt from
2017 to 2020. Only 1570 Out of 2948 examined pet animal and animal feedstuff
samples (53.3%) were positive to the isolated Gram-negative bacteria,the
incidence of isolated Gram negative bacteria among the collected sample types
were identified biochemically to E coli, Salmonella sp., Proteus sp, Klebsiella sp.,ersinia enterocolitica, Pseudomonas sp, Citrobacter sp, Enterobater cloacae, Aeromonas hydrophila. E coli isolates were the highest isolated Gram negative
bacteria. The antimicrobial sensitivity test revealed that 80% of Salmonellae were
resistant to Cefotaxime and Colistin sulphate while 50%, 30%, and 20% of isolates
were resistant to Gentamicin, Tetracycline, and Cefepime respectively, while 40%
of Salmonellae were resistant to Chloramphenicol, Enrofloxacin, and Amoxicillin- clavulanate. Also 60% of Salmonellae showed resistance to Trimethoprim
sulfamethoxazole and Ciprofloxacin. Detection of Extended-spectrum ß-lactamase
resistance genes (blaTEM, blaSHV, and blaCTX-M) in Pets using Polymerase chain
reaction (PCR) showed the presence of blaTEM and blaSHV genes in all tested
isolates in 12 samples out of 12 (100%) and has shown that the ratio of blaCTX-M is
5 out of 12samples (41.6 %).It is desirable for laboratories to maintain bacterial
strains in culture for extended periods of time for research purposes. Moreover, evaluation of the survival rate of these species of microorganisms after different
preservation time (3, 6, 9 and 12 months) on soft agar, PBS with glycerol and
cryopreservation in preservation temperature (4, -20 and -80°C) showed that the
lowest survival rate after preservation on soft agar tubes preserved in 4°C, followed by preservation on phosphate buffer saline with glycerol preserved in - 20°C, while the recovery rate after cryopreservation in -80°C were 100% for all
isolates. The method described for preservation of Gram negative bacteria was a
simple and economically useful for laboratories not equipped with the lyophilizer
or ultra-low freezer. يعتبر العلف الحيواني مصدر لتواجد البكتريا أثناء عملية الانتاج. فى هذه الدراسة تم تجميع 2948 عينة مقسمة كالأتي:(2100 أغذية الحيوانات المنزلية-100 مسحات شرجية من القطط والكلاب المريضة والسليمة ظاهريا-227 اضافات أعلاف- 367 علف سمك - 29 مخلفات مجازر دواجن-47 بدائل ألبان للعجول-41 كسب بنجر- 37 علف عظم) وقد تم احضاره لوحدة السيرولوجي-معهد بحوث الصحة الحيوانية-الدقى-الجيزة-مصر، وقد تبين أن 1570 من 2948 عينة كانت ايجابية للبكتيريا سالبة الجرام (53.3%) وقد تم تحديد أنواع البكتريا السالبة الجرام المعزولة بيوكيميائيا إلي: الميكروب القولوني، السالمونيلا، البروتياس،الكليبسيلا، اليرسينيا انتيروكوليتيكا، السودوموناس، السيتروباكتر، الانتيروباكتر كولواكي، الايروموناس هيدروفيلا، وكان الميكروب القولوني هو أعلي نسبة عزل من بين الميكروبات سالبة الجرام، ولقد أظهرت الدراسة أن 80% من السالمونيلا كانت مقاومة للسيفوتاكسيم والكولستين سلفات بينما 50% و 30% و 20% من المعزولات مقاومة للجنتاميسين والتتراسيكلين والسيفيبيم علي التوالي، بينما كان 40% من السالمونيلا مقاومة للكلورامفينيكول والانروفلوكساسين والاموكسيسيلين، وكذلك وجدنا أن 60% من السالمونيلا مقاومة للترايميثوبريم سلفاميثاكزول والسيبروفلوكساسين. وتم عمل اختبار البلمرة المتسلسل للكشف عن جينات المقاومة بيتا لاكتاميز واسعة الانتشار ل 12 معزول بكتيري من الحيوانات المنزلية ووجد أن جينين موجودين بنسبة 100% بينما وجد جين في 5 معزولات فقط (41.6%)، ولما كان من المرغوب فيه لدي المعامل الاحتفاظ بالعترات البكتيرية لفترات طويلة للأغراض البحثية المختلفة، فقد تم تقييم معدل بقاء المعزولات البكتيرية التي تم حفظها علي مدار (3 و6و9و 12 شهر) علي الأجار وأملاح الفوسفات بالجلسرين والحفظ بالتبريد في درجات حرارة مختلفة( 4% و-20% و-80%)، وقد أظهرت الدراسة أقل معدل للبقاء بعد الحفظ على الأجار المحفوظ في درجة حرارة 4م، ثم يليه الحفظ على أملاح الفوسفات بالجليسرين في -20م بينما كان معدل بقاء المعزولات المحفوظة بالتبريد في درجة حرارة -80 م 100% لكل المعزولات وتبين أن الطرق الموصوفة لحفظ الميكروبات سالبة الجرام بسيطة واقتصادية ومفيدة للمعامل الغير مجهزة بجهاز التجفيد أو جهاز التبريد عالي الانخفاض
Text in English and abstract in Arabic & English.
Animal feedstuffs
Salmonella serovars
636.0855