Determination of some molecular marker related to some abiotic stress in canola /
Sanaa Mohamed Moamed Ahmed Shafey,
Determination of some molecular marker related to some abiotic stress in canola / / تحديد بعض المعلمات الجزيئية لبعض الإجهادات البيئية في الكانولا by Sanaa Mohamed Moamed Ahmed Shafey ; Supervisors Dr. Nagwa Ibrahim Abdelfattah Elarabi, Dr. Shereen Abu-Elmaaty Mohamed, Dr. El-Sayed Fathi ElHabbasha. - 90 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (M.Sc.)-Cairo University, 2023.
Bibliography: pages 78-90.
Canola (Brassica napus L.) is considered an alternate oilseed plant. Therefore, this study aimed to evaluate some growth parameters, yield, chemical parameters, and evaluate their genetic diversity under salt stress conditions. However, thirteen canola genotypes including a collection of Chinese, German, French, and local genotypes were tested under the Egyptian conditions by measuring their morphological and biochemical traits. Data from the field experiments showed that significant differences were recorded among tested genotypes for all yield and its component parameters (i.e., plant height (cm), branches/no plant, siliquas and seed weight (g/plant) and seed oil %. Trapper genotype recorded the highest values of plant height (47.12 and 89.75 cm) and dry weight/plant (8.54 and 28.19 g) at 60 and 90 days from sowing, respectively. The genetic diversity and the relationships among the thirteen canola genotypes were evaluated utilizing sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and simple-sequence repeats (SSRs) markers. The allelic frequency of the different SRAP and SSR markers tested has differed among the thirteen canola genotypes. The SRAP and SSR analyses showed 659 out of 742 and 15 out of 45 markers, respectively, were detected as polymorphic markers (88.8% and 33.33%) among the tested canola genotypes. In addition, the polymorphism information content (PIC), marker index (MI) and resolving power (RP) parameters were computed to assess the effectiveness of the markers. These markers are of considerable value and can be utilized to screen large canola populations. The results of the comparison between the two molecular markers showed that the most effective marker that showed the genetic diversity between canola genotypes was SRAP (88.8%) polymorphism. Eight canola genotypes were evaluated under three conditions salt (0 mg/L ,1000 mg/L and 2000 mg/L) to study morphological traits and effect of salt stress on protein banding pattern. The result showed that there was significant difference between all treatment in all studied traits of Trapper genotype and there were bands are induced under salinity stress but not in control condition. It could be concluded that the tested canola genotypes could be cultivated under the Egyptian condition with high performance especially Trapper, Agamax and Topas genotypes. The data showed that the genotypes differ genetically for the response to salt stress and all morphological traits were decreased with increasing NaCl concentration. Therefore, it could be suggested that Trapper, Agamax and Topas genotypes seem to be promising for oil gap reduction and need further evaluation for the expansion under new reclaimed regions تعتبر الكانولا (Brassica napus L.) نباتًا بديلًا للنباتات الزيتية. لذلك هدفت هذه الدراسة إلى تقييم بعض معايير النمو والمحصول والمعايير الكيميائية والتنوع الجيني بين بعض الأصناف الأجنبية للكانولا وتقييم التنوع الجيني تحت ضغط الملح باستخدام الصفات المورفولوجية والكيميائية الحيوية بين ثلاثة عشر نمطًا وراثيًا من الكانولا تحت النمو في الظروف المصرية . وقد أوضحت النتائج أن التركيب الوراثي Trapper سجل أعلى قيم لارتفاع النبات (47.12 و 89.75 سم) والوزن الجاف / نبات (8.54 و 28.19 وزن جاف / نبات) بعد 60 و 90 يومًا من الزراعة على التوالي. أظهرت البيانات من التجارب الحقلية أنه تم تسجيل فروق معنوية بين الأصناف الوراثية المختبرة لكل من المحصول ومكوناته (أي ارتفاع النبات (سم) ، عدد الفروع / عدد النبات ، السيليكا ووزن البذور (جم / نبات) وزيت البذور٪) . تم تقييم التنوع الجيني والعلاقات بين الأصناف الجينية الثلاثة عشر الكانولا باستخدام sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and simple-sequence repeats (SSRs) markers. اختلف التردد الأليلي لمعلمات SRAP و SSR المختلفة التي تم اختبارها بين الأصناف الجينية الثلاثة عشر. أظهرت تحليلات SRAP و SSR أن 659 من 742 و 15 من أصل 45 علامة على التوالي تم اكتشافها كمعلمات متعددة الأشكال كان SRAP (88.8٪ نسبة اختلاف وراثي ) وال SSR (33.33% نسبة اختلاف وراثي ) بين التراكيب الوراثية المختلفة للكانولا المختبرة بالإضافة إلى محتوى معلمات تعدد الأشكال (PIC) ، تم حساب معلمات (MI) وقوة التحليل (RP) لتقييم فعالية المعلمات. هذه المعلمات لها قيمة كبيرة ويمكن استخدامها لدراسة التباين الوراثي بين أنماط الكانولا الجينية المختلفة . أظهرت نتائج المقارنة بين المعلمات الجزيئية أن المعلم الأكثر فاعلية والذي أظهر التنوع الجيني بين التراكيب الوراثية الكانولا كان SRAP (88.8٪ نسبة اختلاف وراثي ) يمكن استنتاج أن التراكيب الوراثية الكانولا المختبرة يمكن زراعتها تحت الظروف المصرية بأداء عالي خاصة التراكيب الوراثية Trapper و Agamax و Topas .تم تقييم ثمانية أنماط وراثية من الكانولا تحت تراكيزات مختلفة من الملح (صفر؛ 1000 مللجرام/ لتر؛ 2000 مللجرام/لتر ) من خلال دراسة الوزن الطازج ، والوزن الجاف ، وطول النبات وطول الجذركما تم دراسة تأثير الإجهاد الملحي علي إنتاج البروتين في التراكيب الوراثية المختبرة، أظهرت النتائج وجود فرق معنوي بين جميع الصفات المدروسة للنمط الوراثي Trapper وكانت هناك بندات بروتين مستحثة تحت إجهاد الملوحة فقط وليس في حالة ال Control ، يمكن اقتراح أن هذه التراكيب الوراثية الثلاثة Trapper و Agamax و Topas تبدو واعدة لتقليل فجوة الزيت وتحتاج إلى مزيد من التقييم للتوسع في المناطق المستصلحة الجديدة.
Text in English and abstract in Arabic & English.
Genetics
Genetic diversity Growth parameters SRAP SSR Brassica napus
576.5
Determination of some molecular marker related to some abiotic stress in canola / / تحديد بعض المعلمات الجزيئية لبعض الإجهادات البيئية في الكانولا by Sanaa Mohamed Moamed Ahmed Shafey ; Supervisors Dr. Nagwa Ibrahim Abdelfattah Elarabi, Dr. Shereen Abu-Elmaaty Mohamed, Dr. El-Sayed Fathi ElHabbasha. - 90 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (M.Sc.)-Cairo University, 2023.
Bibliography: pages 78-90.
Canola (Brassica napus L.) is considered an alternate oilseed plant. Therefore, this study aimed to evaluate some growth parameters, yield, chemical parameters, and evaluate their genetic diversity under salt stress conditions. However, thirteen canola genotypes including a collection of Chinese, German, French, and local genotypes were tested under the Egyptian conditions by measuring their morphological and biochemical traits. Data from the field experiments showed that significant differences were recorded among tested genotypes for all yield and its component parameters (i.e., plant height (cm), branches/no plant, siliquas and seed weight (g/plant) and seed oil %. Trapper genotype recorded the highest values of plant height (47.12 and 89.75 cm) and dry weight/plant (8.54 and 28.19 g) at 60 and 90 days from sowing, respectively. The genetic diversity and the relationships among the thirteen canola genotypes were evaluated utilizing sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and simple-sequence repeats (SSRs) markers. The allelic frequency of the different SRAP and SSR markers tested has differed among the thirteen canola genotypes. The SRAP and SSR analyses showed 659 out of 742 and 15 out of 45 markers, respectively, were detected as polymorphic markers (88.8% and 33.33%) among the tested canola genotypes. In addition, the polymorphism information content (PIC), marker index (MI) and resolving power (RP) parameters were computed to assess the effectiveness of the markers. These markers are of considerable value and can be utilized to screen large canola populations. The results of the comparison between the two molecular markers showed that the most effective marker that showed the genetic diversity between canola genotypes was SRAP (88.8%) polymorphism. Eight canola genotypes were evaluated under three conditions salt (0 mg/L ,1000 mg/L and 2000 mg/L) to study morphological traits and effect of salt stress on protein banding pattern. The result showed that there was significant difference between all treatment in all studied traits of Trapper genotype and there were bands are induced under salinity stress but not in control condition. It could be concluded that the tested canola genotypes could be cultivated under the Egyptian condition with high performance especially Trapper, Agamax and Topas genotypes. The data showed that the genotypes differ genetically for the response to salt stress and all morphological traits were decreased with increasing NaCl concentration. Therefore, it could be suggested that Trapper, Agamax and Topas genotypes seem to be promising for oil gap reduction and need further evaluation for the expansion under new reclaimed regions تعتبر الكانولا (Brassica napus L.) نباتًا بديلًا للنباتات الزيتية. لذلك هدفت هذه الدراسة إلى تقييم بعض معايير النمو والمحصول والمعايير الكيميائية والتنوع الجيني بين بعض الأصناف الأجنبية للكانولا وتقييم التنوع الجيني تحت ضغط الملح باستخدام الصفات المورفولوجية والكيميائية الحيوية بين ثلاثة عشر نمطًا وراثيًا من الكانولا تحت النمو في الظروف المصرية . وقد أوضحت النتائج أن التركيب الوراثي Trapper سجل أعلى قيم لارتفاع النبات (47.12 و 89.75 سم) والوزن الجاف / نبات (8.54 و 28.19 وزن جاف / نبات) بعد 60 و 90 يومًا من الزراعة على التوالي. أظهرت البيانات من التجارب الحقلية أنه تم تسجيل فروق معنوية بين الأصناف الوراثية المختبرة لكل من المحصول ومكوناته (أي ارتفاع النبات (سم) ، عدد الفروع / عدد النبات ، السيليكا ووزن البذور (جم / نبات) وزيت البذور٪) . تم تقييم التنوع الجيني والعلاقات بين الأصناف الجينية الثلاثة عشر الكانولا باستخدام sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and simple-sequence repeats (SSRs) markers. اختلف التردد الأليلي لمعلمات SRAP و SSR المختلفة التي تم اختبارها بين الأصناف الجينية الثلاثة عشر. أظهرت تحليلات SRAP و SSR أن 659 من 742 و 15 من أصل 45 علامة على التوالي تم اكتشافها كمعلمات متعددة الأشكال كان SRAP (88.8٪ نسبة اختلاف وراثي ) وال SSR (33.33% نسبة اختلاف وراثي ) بين التراكيب الوراثية المختلفة للكانولا المختبرة بالإضافة إلى محتوى معلمات تعدد الأشكال (PIC) ، تم حساب معلمات (MI) وقوة التحليل (RP) لتقييم فعالية المعلمات. هذه المعلمات لها قيمة كبيرة ويمكن استخدامها لدراسة التباين الوراثي بين أنماط الكانولا الجينية المختلفة . أظهرت نتائج المقارنة بين المعلمات الجزيئية أن المعلم الأكثر فاعلية والذي أظهر التنوع الجيني بين التراكيب الوراثية الكانولا كان SRAP (88.8٪ نسبة اختلاف وراثي ) يمكن استنتاج أن التراكيب الوراثية الكانولا المختبرة يمكن زراعتها تحت الظروف المصرية بأداء عالي خاصة التراكيب الوراثية Trapper و Agamax و Topas .تم تقييم ثمانية أنماط وراثية من الكانولا تحت تراكيزات مختلفة من الملح (صفر؛ 1000 مللجرام/ لتر؛ 2000 مللجرام/لتر ) من خلال دراسة الوزن الطازج ، والوزن الجاف ، وطول النبات وطول الجذركما تم دراسة تأثير الإجهاد الملحي علي إنتاج البروتين في التراكيب الوراثية المختبرة، أظهرت النتائج وجود فرق معنوي بين جميع الصفات المدروسة للنمط الوراثي Trapper وكانت هناك بندات بروتين مستحثة تحت إجهاد الملوحة فقط وليس في حالة ال Control ، يمكن اقتراح أن هذه التراكيب الوراثية الثلاثة Trapper و Agamax و Topas تبدو واعدة لتقليل فجوة الزيت وتحتاج إلى مزيد من التقييم للتوسع في المناطق المستصلحة الجديدة.
Text in English and abstract in Arabic & English.
Genetics
Genetic diversity Growth parameters SRAP SSR Brassica napus
576.5