Changes in genetic and genomic parameters in selected chicken Lines in egypt / By Elham Hamed Abbas Hamed ; supervision Dr. Mostafa Mohamed Abd El-Hamid Helal, Dr. Shoukry Mohamed El-Tantawy, Prof. Dr. Amany Wageh Youssouf, Prof. Dr. Essam Abbas El-Gendy, Prof. Dr. Manal Mohamed Zaki El-Deen.

Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023.

Bibliography: pages 153-131.

This study aimed at tracking genetic and genomic changes in four chicken lines with
different genetic backgrounds. The used lines were the normally-feathered selected line
(CE1), normally-feathered random bred line (CE2) that served as a genetic control line
for line CE1, naked-neck selected line (CE3), and naked-neck randombred line (CE4)
that served as a genetic control line for line CE3. All the four lines were developed in a
breeding scheme aimed at developing rapid-growth local chicken lines under natural
weather conditions of Giza Egypt. The Growth performance results showed superiority
for the normally feathered selected chicken (CE1) over the naked-neck selected line
(CE3) at hatch, where the body weights of the chickens of line CE1 were 3% higher than
line CE3. The comparisons between selected lines and their corresponding control lines
revealed the significantly higher body weights of the two selected lines as expected. It is
also worth mentioning that the fully-feathered control line (CE2) was significantly
superior to the naked-neck control line (CE4) at all ages. The results indicate that the
selected naked-neck chickens have slower growth rates at early ages compared to the
fully-feathered chickens. The results indicated that selection progress was observed at all
ages during the growing period in the different generations. The heritability estimates for
BW at hatch were moderate and ranged between 0.30 and 0.31 in the normally-feathered
selected line (CE1) and between 0.34 and 0.35 in the naked-neck selected line (CE3). In
general, the genetic correlations for body weight traits were moderate to high and varied
from 0.43 (BW12 and BW18) to 0.88 (BW0 and BW2) in the seventh generation of
selection. The overall highly positive genotypic and phenotypic correlations between
growth traits suggest that the associations between growth traits are generally synergistic.
It can be noticed that the number of the different alleles detected in the fully-feathered
selected line (CE1) was higher than that detected in the naked-neck selected line (CE3).
The number of polymorphic loci varied in the subsequent generations. Observed
heterozygosity (Ho) levels were fairly low to medium. The diversity index in the
randombred lines was higher than that estimated for the selected lines in the subsequent
generations. The highest values for the diversity index in the selected lines were obtained
in the base generation and were higher in the naked-neck line (0.847) than that in the
normally feathered line (0.826). In the current study, the highest gene flow rate was
observed between the selected lines (CE1 and CE3). The longest distance was found
between lines CE2 and CE3, CE1 and CE4, CE2 and CE4, and CE3 and CE4 in the sixth,
seventh, eighth, and ninth generations, respectively. The analysis of molecular variance
(AMOVA) revealed that the within-line variance is decreasing and the variance among
lines is increasing in the subsequent generations

تهدف هذه الدراسة إلى دراسة التركيب الوراثى لأربعة سلالات من الدجاج بخلفيات وراثية مختلفة باستخدام عشرة من الواسمات الوراثيه الدقيقه. شملت الدراسة سلالتين منتخبتين والكنترول الخاص بهم ، وكانت الخطوط عبارة عن خط دجاج منتخب بريش طبيعى(CE1)و خط الكنترول الخاص به (CE2) خط دجاج منتخب عاري الرقبه (CE3)والكنترول الخاص به (CE4) .تم انتاج جميع الخطوط الأربعة في برنامج تربيه يهدف إلى انتاج سلالات دجاج محلية سريعة النمو في ظل الظروف الحرارة الطبيعية. تم اجراء انتخاب لعدة أجيال للخطوط السابقه ، تم انتخاب الخطين (CE1 و CE3) على اساس وزن الجسم العالى عند سته اسابيع.
أظهرت نتائج أداء النمو تفوق الدجاج المحسن ذو الريش الطبيعي (CE1) على الخط المحسن عارى الرقبه (CE3) عند الفقس ، حيث كانت أوزان الجسم لدجاج الخط CE1 أعلى بنسبة 3٪ من الخط CE3. كشفت المقارنات بين الخطوط المحسنه وخطوط الكنترول المقابلة عن أوزان الجسم الأعلى بشكل ملحوظ للخطين المنتخبين كما هو متوقع. ومن الجدير بالذكر أيضًا أن خط الكنترول الخاص بخط المغطى بالكامل بالريش (CE2) كان متفوقًا بشكل كبير على خط الكنترول الخاص بالخط عارى الرقبه (CE4) في جميع الأعمار. تشير النتائج إلى أن الدجاج المنتخب عارى الرقبه كان لديه معدلات نمو أبطأ في الأعمار المبكرة مقارنة بالدجاج كامل الريش. توضح النتائج أن تقدم الانتخاب لوحظ في جميع الأعمار خلال فترة النمو في الأجيال المختلفة. بشكل عام ، تشير النتائج التي تم الحصول عليها للنمو في السلالات المنتخبه إلى الإمكانات الوراثية للسلالات المحلية واحتمال تحسينها.
كان معامل التوريث لوزن الجسم عند الفقس معتدل وتراوح بين 0.30 و 0.31 في الخط المنتخب ذو الريش الطبيعي (CE1) وبين 0.34 و 0.35 في الخط المنتخب عارى الرقبه (CE3). كان الارتباط الوراثى معتدل إلى عالي وتراوح من 0.43 (BW12 و BW18) إلى 0.88 (BW0 و BW2) في الجيل السابع من الانتخاب. تشير الارتباطات الكليه الإيجابية العاليه للارتباطات المظهرية و الوراثيه بين صفات النمو إلى أن الارتباطات بين صفات النمو متآزرة بشكل عام ، ويمكن ملاحظة أن عدد الأليلات المختلفة التي تم اكتشافها في الخط المحسن ذو الريش الطبيعى (CE1) كان أعلى مما تم اكتشافه في الخط المنتخب عارى الرقبه (CE3). اختلف عدد المواقع متعددة المظهر في الأجيال اللاحقة. (Ho) كانت مستويات منخفضة إلى متوسطة إلى حد ما.
كان مؤشر التنوع في السلالات الغير منتخبه أعلى من ذلك المقدّر للخطوط المنتخبه في الأجيال اللاحقة. تم الحصول على أعلى قيم لمؤشر التنوع في الخطوط المنتخبه في الجيل الأساسي وكانت أعلى في الخط عارى الرقبه (0.847) من تلك الموجودة في الخط ذي الريش الطبيعي (0.826). في الدراسة الحالية ، لوحظ أعلى معدل تدفق للجينات بين الخطوط المنتخبه (CE1 و CE3). تم العثور على أطول مسافة بين الخطوط CE2 و CE3 و CE1 و CE4 و CE2 و CE4 و CE3 و CE4 في الأجيال السادس والسابع والثامن والتاسع على التوالي. كشف تحليل التباين الجزيئي (AMOVA) أن التباين اداخل الخط يتناقص وأن التباين بين الخطوط يتزايد في الأجيال اللاحقة.

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.