Non-Albicans Candida Species and their Antifungal Susceptibility Patterns in Theodor Bilharz Research Institute / by Basma Mohamed Tarek Said Abdoullateef ; Supervised by Prof. Dr. Mohamed Amr El Kholy, Prof. Dr. Doaa Gamal Desouk, Dr. Rania Yahia Shash.

Thesis (M.Sc.)-Cairo University, 2023.

Bibliography: pages 101-126.

The incidence of infections caused by Candida spp. has raised significantly with a shift in their
distribution towards non-albicans Candida species (NAC). Early and accurate diagnosis of
candidiasis is important to timely initiate proper antifungal therapy, especially in critical serious
infections, to limit the unnecessary use of empirical antifungal agents, reduce toxic side effects
and avoid the emergence of antifungal resistance. Therefore, the need to investigate NAC has
become an urgent issue. We aimed to identify the main NAC clinical species in our hospital
setting, using the chromogenic differential agar medium for the differentiation of the common
species of Candida, and to determine their susceptibility patterns to the currently available
antifungal agents. This study was conducted on 133 Candida isolates obtained over a period of
18 months from the Microbiology department at Theodor Bilharz Research Institute. Candida
isolates were provisionally identified through culture on sabouraud dextrose agar, Gram stain,
and germ tube test. Then they were subcultured on HiCrome chromogenic agar medium and
were confirmed by Vitek 2 system, which was also used for antifungal susceptibility testing.
Antifungal susceptibility of the identified NAC isolates was also tested using disk diffusion
method to the antifungal agents; fluconazole, voriconazole, amphotericin B, and caspofungin.
Our results showed that 75.% of the isolates were identified as NAC spp. Germ tube test showed
an accuracy of 88% in the differentiation of NAC from C. albicans. The HiCrome chromogenic
agar medium showed an overall sensitivity of 97% in the detection of different NAC spp. The
majority of NAC isolates were C. glabrata. Amphotericin B, voriconazole, and micafungin
were the most effective antifungal agents against NAC isolates. Disk diffusion showed high
sensitivity when tested with amphotericin B, fluconazole, voriconazole, and caspofungin of
100%, 95.2%, 100%, and 92.86% respectively compared to Vitek 2. It is concluded that NAC
species are the most predominant in our hospital setting. Chromogenic diffrential agar medium
could be used as a rapid tool for the detection of the most common NAC species. The disk
diffusion method represent a reliable alternative method for routine antifungal susceptibly
testing in case of absence of automated systems, especially for antifungal agents where
interpretation is not restricted to the determination of minimal inhibitory concentrations

لقد ازدادت في العقود الاخيرة نسبة الاصابة بالعدوى الفطرية بسبب أنواع الكانديدا الغير البيكانس (المبيضات الغير بيضاء) حيث لوحظ في السنوات القليلة الماضية زيادة في نسبة حدوث المبيضات الغير بيضاء بدلا من الكانديدا البيكانس (المبيضات البيضاء) كما كان متعارف عليه مما اوجب دراسة سبب انتشارها.
ان قدرة المبيضات الغير بيضاء على تفشي العدوي ترجع لزيادة مقاومتها لمضادات الفطريات مما ادي الى زيادة الحاجة لدراستها بشكل مكثف. لوحظ ان التشخيص المبكر و الدقيق للعدوى بالمبيضات مهم للبدء المبكر في العلاج المناسب للفطريات للحد من الاستخدام الغير ضروري للعقاقير مما يقلل الاعراض الجانبية و يجنب ظهور المقاومة للعقاقير.و لذا فان التعرف المبكر على انواع المبيضات و عمل اختبارات الحساسية لمضادات الفطريات له دور فعال خاصة في حالات العدوى الشديدة الحرجة مثل عدوى تسمم الدم.
بإجراء إختبار الحساسية لمضادات الفطريات باستخدام إختبار إنتشار القرص لإثنين من عقاقير مضادات الفطريات هما الامفوتيريسين ب و الفوريكونازول أظهر حساسية بنسبة 100%, حيث كانت كل العزلات التي تم إختبارها كانت حساسة بإنتشار القرص و بنتائج الفايتك 2. اما لعقار للفلوكونازول أظهرت حساسية بنسبة 95% و 93% في حالة الكاسبوفانجين.
نستخلص من النتائج أن فصائل المبيضات الغير بيضاء كانت هي السائدة في مستشفى معهد تيودور بلهارس للأبحاث. الوسط الكروموجيني يمكن الإعتماد عليه كوسيلة سريعة للتعرف على فصائل المبيضات المختلفة. إختبار إنتشار القرص يمكن ان يمثل بديلا يعتمد عليه في الإختبارات الروتينية لحساسية مضادات الفطريات في حالة غياب النظام الاّلي خاصة لمضادات الفطريات التي يمكن استنتاج فعاليتها دون التقيد بتحديد قيمة الحد الادنى في التركيز المثبط

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.