header
Image from OpenLibrary

Epithelial-mesenchymal transition gene expression pattern in fibrotic and non-fibrotic bone marrow / by Neama Mahmoud Hamed Selim ; supervision of Prof. Dr. Samia Hassan Rizk , Prof. Dr. Manal Michel Wilson , Prof. Dr. Hanan Al-Husseini Al-Wakeel .

By: Contributor(s): Material type: TextTextLanguage: English Summary language: English, Arabic Producer: 2023Description: 218 pages : illustrations ; 25 cm. + CDContent type:
  • text
Media type:
  • Unmediated
Carrier type:
  • volume
Other title:
  • /دراسة التعبير الجيني لتحول الخلايا الظهارية الي الخلايا الوسطية في حالات نخاع العظم المتليف والغير متليف [Added title page title]
Subject(s): DDC classification:
  • 616.07
Available additional physical forms:
  • Issues also as CD.
Dissertation note: Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023. Summary: Introduction: Bone marrow (BM) fibrosis results from several benign and malignant conditions. Disease-related injury activates transforming growth factor-β (TGF- β) with fibroblast trans-differentiation into myofibroblasts which is capable of collagen synthesis and extracellular matrix (ECM) deposition. This study aimed to investigate 13 fibrosis-related gene expression levels: AKT1, BMP7, COL1A2/3A1, ILK, ITGV, ITGß, MMP2/3/9, SERPINE1, TGFβ3/β2. Methods: Under anonymized conditions, 76 archived formalin-fixed paraffin- embedded (FFBE) BM core biopsies with various grades of fibrosis were collected from bone marrow pathology laboratory at Cairo University. A custom- made RT2 profiler PCR array (QIAGEN, Germany) was used for assessing gene expression patterns just after histo-morphologic revision and fibrosis grading, calculating the gene expression results with the ∆CT method. Results: On the basis of being positive for trichrome staining and/or osteosclerosis, study samples were assigned into fibrotic and non-fibrotic groups (n= 44 and 23, respectively), including 35 neoplastic and 32 reactive BM cases. Within neoplastic cases, the ITGAV gene was overexpressed more significantly in non-fibrotic than fibrotic cases (p-value 0.049). With the exception of a significant negative association between SERPINE1 gene expression and both reticulin (r= - 0.949, p 0.014) and trichrome (r= -0.894, p= 0.041) grades, no additional associations were detected. Conclusion: Due to the exploratory nature of the study, possibly effective genes may have been disregarded; hence, extended gene panels are recommended for the coverage of all genetic hotspots. Since the fibrogenic process involves the interaction of an extensive gene network, the final fibrosis phenotype will be determined by the balance between stimulatory and inhibitory genes. The DNA microarray could provide a comprehensive perspective of the entire fibrosis- related network and any potential association with a specific pathological condition. To validate the gene expression results, the critical value of optimizing the BM sample quality is also very crucial and needs to be put into consideration. Summary: مقدمة: ينتج تليف نخاع العظم عن عدة حالات حميدة وخبيثة. تنشط الإصابة المرتبطة بالمرض تحويل عامل النمو β (TGF-) مع التمايز العابر للأرومة الليفية إلى الخلايا الليفية العضلية القادرة على تخليق الكولاجين وترسب المصفوفة خارج الخلية (ECM). هدفت هذه الدراسة إلى التحقيق في 13 مستوى للتعبير الجيني المرتبط بالتليف: AKT1 ، BMP7 ، COL1A2 / 3A1 ، ILK ، ITGV ، ITGß ، MMP2 / 3/9 ، SERPINE1 ، TGFβ3 / β2. الطريقة: في ظل ظروف مجهولة المصدر ، تم جمع 76 خزعة مؤرشفة من الفورمالين المثبت برافين (FFBE) BM مع درجات مختلفة من التليف من مختبر أمراض نخاع العظام في جامعة القاهرة. تم استخدام مصفوفة PCR لملف التعريف RT2 حسب الطلب (QIAGEN ، ألمانيا) لتقييم أنماط التعبير الجيني مباشرة بعد مراجعة النسيج المورفولوجي وتصنيف التليف ، وحساب نتائج التعبير الجيني باستخدام طريقة ∆CT. النتائج: على أساس كونها إيجابية لتلطيخ ثلاثي الكروم و / أو تصلب العظام ، تم تعيين عينات الدراسة في مجموعات ليفية وغير ليفية (ن = 44 و 23 ، على التوالي) ، بما في ذلك 35 ورم و 32 حالة BM تفاعلي. في حالات الأورام ، تم الإفراط في التعبير عن جين ITGAV بشكل أكثر وضوحًا في الحالات غير الليفية من الحالات التليفية (القيمة p 0.049). باستثناء وجود ارتباط سلبي كبير بين التعبير الجيني SERPINE1 وكلا من reticulin (r = - 0.949 ، p 0.014) و trichrome (r = -0.894 ، p = 0.041) ، لم يتم الكشف عن ارتباطات إضافية. الخلاصة: بسبب الطبيعة الاستكشافية للدراسة ، ربما تم تجاهل الجينات الفعالة ؛ وبالتالي ، يوصى باستخدام لوحات الجينات الممتدة لتغطية جميع النقاط الساخنة الوراثية. نظرًا لأن العملية الليفية تتضمن تفاعل شبكة جينية واسعة النطاق ، فسيتم تحديد النمط الظاهري للتليف النهائي من خلال التوازن بين الجينات المنشطة والمثبطة. يمكن أن توفر مصفوفة الحمض النووي الدقيقة منظورًا شاملاً للشبكة المرتبطة بالتليف بالكامل وأي ارتباط محتمل مع مرضي محدد حالة. للتحقق من صحة نتائج التعبير الجيني ، تعد القيمة الحرجة لتحسين جودة عينة BM أمرًا بالغ الأهمية أيضًا ويجب وضعها في الاعتبار.
Tags from this library: No tags from this library for this title. Log in to add tags.
Star ratings
    Average rating: 0.0 (0 votes)
Holdings
Item type Current library Home library Call number Status Date due Barcode
Thesis Thesis قاعة الرسائل الجامعية - الدور الاول المكتبة المركزبة الجديدة - جامعة القاهرة Cai01.11.07.Ph.D.2023.Ne.E (Browse shelf(Opens below)) Not for loan 01010110088808000

Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023.

Bibliography: pages 182-218.

Introduction: Bone marrow (BM) fibrosis results from several benign and
malignant conditions. Disease-related injury activates transforming growth
factor-β (TGF- β) with fibroblast trans-differentiation into myofibroblasts which
is capable of collagen synthesis and extracellular matrix (ECM) deposition. This
study aimed to investigate 13 fibrosis-related gene expression levels: AKT1,
BMP7, COL1A2/3A1, ILK, ITGV, ITGß, MMP2/3/9, SERPINE1, TGFβ3/β2.
Methods: Under anonymized conditions, 76 archived formalin-fixed paraffin-
embedded (FFBE) BM core biopsies with various grades of fibrosis were
collected from bone marrow pathology laboratory at Cairo University. A custom-
made RT2 profiler PCR array (QIAGEN, Germany) was used for assessing gene
expression patterns just after histo-morphologic revision and fibrosis grading,
calculating the gene expression results with the ∆CT method. Results: On the
basis of being positive for trichrome staining and/or osteosclerosis, study samples
were assigned into fibrotic and non-fibrotic groups (n= 44 and 23, respectively),
including 35 neoplastic and 32 reactive BM cases. Within neoplastic cases, the
ITGAV gene was overexpressed more significantly in non-fibrotic than fibrotic
cases (p-value 0.049). With the exception of a significant negative association
between SERPINE1 gene expression and both reticulin (r= - 0.949, p 0.014) and
trichrome (r= -0.894, p= 0.041) grades, no additional associations were detected.
Conclusion: Due to the exploratory nature of the study, possibly effective genes
may have been disregarded; hence, extended gene panels are recommended for
the coverage of all genetic hotspots. Since the fibrogenic process involves the
interaction of an extensive gene network, the final fibrosis phenotype will be
determined by the balance between stimulatory and inhibitory genes. The DNA
microarray could provide a comprehensive perspective of the entire fibrosis-
related network and any potential association with a specific pathological
condition. To validate the gene expression results, the critical value of optimizing
the BM sample quality is also very crucial and needs to be put into consideration.

مقدمة: ينتج تليف نخاع العظم عن عدة حالات حميدة وخبيثة. تنشط الإصابة المرتبطة بالمرض تحويل عامل النمو β (TGF-) مع التمايز العابر للأرومة الليفية إلى الخلايا الليفية العضلية القادرة على تخليق الكولاجين وترسب المصفوفة خارج الخلية (ECM). هدفت هذه الدراسة إلى التحقيق في 13 مستوى للتعبير الجيني المرتبط بالتليف: AKT1 ، BMP7 ، COL1A2 / 3A1 ، ILK ، ITGV ، ITGß ، MMP2 / 3/9 ، SERPINE1 ، TGFβ3 / β2.
الطريقة: في ظل ظروف مجهولة المصدر ، تم جمع 76 خزعة مؤرشفة من الفورمالين المثبت برافين (FFBE) BM مع درجات مختلفة من التليف من مختبر أمراض نخاع العظام في جامعة القاهرة. تم استخدام مصفوفة PCR لملف التعريف RT2 حسب الطلب (QIAGEN ، ألمانيا) لتقييم أنماط التعبير الجيني مباشرة بعد مراجعة النسيج المورفولوجي وتصنيف التليف ، وحساب نتائج التعبير الجيني باستخدام طريقة ∆CT. النتائج: على أساس كونها إيجابية لتلطيخ ثلاثي الكروم و / أو تصلب العظام ، تم تعيين عينات الدراسة في مجموعات ليفية وغير ليفية (ن = 44 و 23 ، على التوالي) ، بما في ذلك 35 ورم و 32 حالة BM تفاعلي. في حالات الأورام ، تم الإفراط في التعبير عن جين ITGAV بشكل أكثر وضوحًا في الحالات غير الليفية من الحالات التليفية (القيمة p 0.049). باستثناء وجود ارتباط سلبي كبير بين التعبير الجيني SERPINE1 وكلا من reticulin (r = - 0.949 ، p 0.014) و trichrome (r = -0.894 ، p = 0.041) ، لم يتم الكشف عن ارتباطات إضافية. الخلاصة: بسبب الطبيعة الاستكشافية للدراسة ، ربما تم تجاهل الجينات الفعالة ؛ وبالتالي ، يوصى باستخدام لوحات الجينات الممتدة لتغطية جميع النقاط الساخنة الوراثية. نظرًا لأن العملية الليفية تتضمن تفاعل شبكة جينية واسعة النطاق ، فسيتم تحديد النمط الظاهري للتليف النهائي من خلال التوازن بين الجينات المنشطة والمثبطة. يمكن أن توفر مصفوفة الحمض النووي الدقيقة منظورًا شاملاً للشبكة المرتبطة بالتليف بالكامل وأي ارتباط محتمل مع مرضي محدد
حالة. للتحقق من صحة نتائج التعبير الجيني ، تعد القيمة الحرجة لتحسين جودة عينة BM أمرًا بالغ الأهمية أيضًا ويجب وضعها في الاعتبار.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.

There are no comments on this title.

to post a comment.