Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2024.

Bibliography: pages 152-169.

Background: Genetic abnormalities provide vital diagnostic and prognostic information in pediatric BCP-ALL. They are increasingly used to assign patients to risk groups.
Methodology: This study was done on 78 de novo-BCP-ALL pediatric patients who were presented to Pediatric Oncology Department of NCI, Cairo University. We aimed to study the impact of CNV of 8 of the most altered genes in BCP-ALL in addition to RUNX1 gene abnormalities on patients’ survival and their response to treatment. MLPA was used to detect CNV while RUNX1 gene alterations were detected FISH.
Results: CNV of PAX5 gene was significantly associated with worse patients’ OS and DFS (P=0.012 and P=0.025, respectively). CNV of ETV6 was associated with higher MRD at day 15 (P=0.041). Although RUNX1 gene abnormalities were not a predictor of OS nor DFS, an interesting significant relation was found between PAX5 CNV and RUNX1 gene gain and translocation (P=0.017 and P=0.041, respectively).
Conclusion: There is a significant association between PAX5 gene CNVs and RUNX1 gene duplication and translocation. PAX5 CNV is an adverse prognostic factor as it was associates with worse overall and disease free survival. ETV6 CNV is significantly associated with higher MRD at day 15. There is a significant association between CNVs of PAX5 with either IKZF-1 or CDKN2A/2B. Patients with ETV6::RUNX1 fusion had significantly higher incidence of ETV6 gene CNVs.

توفر التشوهات الوراثية تشخيصًا حيويًا ومعلومات إنذارية لدى الأطفال المصابين بمرض سرطان الدم الليمفاوي الحاد. يتم استخدامها بشكل متزايد لتخصيص المرضى للمجموعات المعرضة للخطر.
أجريت هذه الدراسة على 78 مريضًا من الأطفال من فئة BCP-ALLمن سرطان الدم الليمفاوي الحاد حديثي التشخيص من قسم أورام الأطفال في المعهد القومي للأورام بجامعة القاهرة. نحن نهدف إلى دراسة تأثير تباين عدد النسخ لـ 8 من الجينات الأكثر تغيرًا في مرضBCP-ALL - سرطان الدم الليمفاوي الحاد
بالإضافة إلى تشوهات الجينات RUNX1 على بقاء المرضى على قيد الحياة (Survival) واستجابتهم للعلاج. تم استخدام(Multiplex Ligation Probe Amplification) عن تباين عدد النسخ الجينية بينما تم اكتشاف تعديلات الجين RUNX1 بواسطة .(Fluorescent In situ hybridization FISH)

ارتبط تباين عدد النسخ الجينية لجين PAX5 بشكل كبير مع بقاء المرضي علي قيد الحياة و بقائهم علي قيد الحياة بدون أمراض (Overall survival and disease free survival) ( P = 0.012 و P = 0.025، على التوالي). ارتبط تباين عدد النسخ الجينية لـجين ETV6 بشكل إيجابي مع تحسن الحد الأدني من المرض المتبقي (Minimal residual disease)
( P = 0.041). على الرغم من أن تشوهات الجين RUNX1 لم تكن مؤثرة في بقاء المرضي علي قيد الحياة أو استجابتهم للعلاج ، فقد تم العثور على علاقة مهمة مثيرة للاهتمام بين تباين عدد النسخ الجينية لجين PAX5 وبين اكتساب أو انتقال جين RUNX1 ( P = 0.017 و P = 0.041، على التوالي).

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.