E. coli in the poultry hatchery environment from a one health point of view /
الميكروب القولوني في مفارخ الدواجن من منظور الصحة الواحدة /
by Hend Mohamed Yehia Yousef ; Supervision Prof Dr. Kamelia Mahmoud Osman, Prof. Dr. Mahmoud El Said Hashad, Dr. Wafaa Mohamed Mohamed, Dr. Nayera Mahmoud Alatfeehy.
- 129 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2024.
Bibliography: pages 116-129.
In this investigation, 171 avian samples collected from ten poultry (ducks and chickens) hatcheries (manual, semiautomatic and automatic) at Qalyubia and Gharbia governorates. Collection sites included hatcheries, incubators, wastes, water, cages, air, floor, meconium, eggs, freshly dead chicks and worker’s hand swabs. Samples were examined for isolation and identification of Escherichia coli serotypes with phenotypic and genotypic characterization. The average prevalence of E. coli was 36.3% with the highest rate (57.1%) from manual hatcheries. Sixty-two E. coli serotypes were defined into 14 serogroups based on O and H antigen classification as; O78 (17.7%), O91:H21 (12.9%), O128:H2 (11.3%), O2:H6 (9.7%), O26:H11 (9.7%), O121:H7 (8.1%), O146:H21 (6.5%), O1:H7 (6.5%), O124 (4.8%), O55:H7 (4.8%), O113:H4 (3.2%), O125:H21 (1.6%), O159 (1.6%), and. O17:H18 (1.6%). The 62 serotypes were tested against 21 antimicrobial agents (13 antimicrobial groups). The results showed 100% resistance to cephradine, clindamycin, amoxicillin, penicillin–G and erythromycin. Resistance to other agents were: ampicillin (98.4%), azithromycin (96.8%), chloramphenicol (93.5%), spectinomycin (83.9%) and colistin (74.2%). Highly sensitivity rates were founded against gentamycin (95.2%) and neomycin (91.9%) where both belong to the aminoglycosides group. Concerning biofilm formation, the isolates were categorized into non adherent (-), weak adherent (+), moderate adherent (++), and strong adherent (+++) types that were represented by 6.5%, 21%, 58.1% and 14.5% of the isolates, respectively. Detection of different virulence genes of different E. coli serotypes from different sources revealed harboring of the following genes: iss (88.7%), fimH (87.1%), eaeA (77.8%), hlyE (67.8%), iutA (66.1%), papC (33.9%), hlyA (11.3%), gimB (4.8%) and luxS (0%). On the other hand, antibiotic resistance genes detected were blaMox, blaCIT, blaFOX, blaOXA, blaSHV and blaTEM in 0%, 0%, 38.7%, 0%, 12.9% and 51.6%, respectively. The overall prevalence of mcr-1 was 35.5% in the examined isolates. Hence في هذه الدراسة، تم تجميع عدد 171 عينة من عدد 10 مفرخات (دجاج – بط) وتنقسم هذه اتوماتيك ونصف اتوماتيك وبلدي من كل من محافظتي الغربية والقليوبية. شملت هذه العينات علي مسحات من كل ما يلي: المفرخات – الحضانات – المخلفات – المياة – الاقفاص – الغاز – الارضية – العقي – البيض – الكتاكيت الميتة حديثا – وايضا من ايدي العمالة التي تعمل بها، حيث تم فحص هذه العينات لعزل الميكروب القولوني وتحديد الانماط المصلية المختلفة له وتاكدها بالتحليل الجيني للمعزولات. طبقا للنتائج هذه الدراسة تبين تسجيل معدل انتشار الميكروب القولوني بنسبة (36.3%) وكان اعلي معدل لتسجيل تلك الميكروب في المفرخات البلدية بنسبة (57.1%). تم تحديد عدد 14 مجموعة مصلية من 62 معزولة للميكروب القولوني بناء علي التصنيف H و O وكانت بالنسب الاتية " O78 (17.7%) - O91:H21 (12.9%) - O128:H2 (11.3%) - O2:H6 (9.7%) - O26:H11 (9.7%) - O121:H7 (8.1%) - O146:H21 (6.5%) - O1:H7 (6.5%) - O124 (4.8%) - O55:H7 (4.8%) - O113:H4 (3.2%) - O125:H21 (1.6%) - O159 (1.6%) - O17:H18 (1.6%)". بدراسة مقاومة المعزولات للمضادات الميكروبية لكافة المعزولات باستخدام عدد 21 مضاد ميكروبي من اجمالي عدد 13 مجموعة والذي اتضح نسبة 100% مقاومة لكافة العينات المعزولة من مختاف المصادر لكل من سيفرادين – كلينداميسن – اموكسيسيلين – بنسبين ج – اريثرومايسين، كما ان نسبة المقاومة وصلت الي 98.4% للامبسيلين و 96.8% للازيثروميسن و 93.5% للكلورامفينيكول و 83.9% للاسبكتينوميسين و 74.2% للكوليستين. كما انه تم تسجيل نسبة حساسية للجنتاميسين (95.2%) ونيومايسين (91.9%) من مجموعة امينوغليكوزايات، كما ان تم اختبار المعزولات لتكوين البيوفيلم (الغشاء الحيوي) وتبين النتيجة كالاتي بالنسب الاتية: 6.5% ، 21% ، 58.1% ، 14.5% لـ (-) ، (+) ، (++) ، (+++) علي التوالي. اما فيما يتعلق بالكشف عن بعض الجينات المتعلقة بالعوامل السمية او الضراوة لعترات الميكروب القولوني من المصادر المختلفة التي تم عزلها " iss (88.7%)، fim H (87.1%)، eae A (77.8%)، hly E (67.8%)، iut A (66.1%)، pap C (33.9%)، hly A (11.3%)، gim B (4.8%)، luxS (0%). فيما يتعلق بالكشف عن جينات مقاومة للمضادات الميكروبية blaMox، blaCIT، blaFOX، blaOXA ، blaSHV ، blaTEM كانت النسبة كالاتي 0%، 0%، 38.7%، 0%، 12.9%، 51.6% علي التوالي. واخيرا فان نسبة انتشار جين mcr-1 كانت بنسبة 35.5%. وظرا لذلك فن كل معزولة بغض النظر من مصدرها يحتوي علي جين واحد علي الاقل سواء كان متعلق بالضراوة او المقاومة للمضادات الميكروبية.
Text in English and abstract in Arabic & English.
Poultry
Poultry hatcheries Escherichia coli AMR Biofilm VG ARG One health