Thesis (M.Sc.) -Cairo University, 2023.

Bibliography: pages 67-82.

Ependymoma is the third most common type of primary brain tumor in children. The standard treatment is gross resection followed by adjuvant therapy (radiation or a specific regimen of chemotherapy). The patients' responses to treatment vary due to differences in their genetic and epigenetic backgrounds. MiRNAs can regulate multiple genes and may act as a biomarker for diagnosis, prognosis, and predicting radio resistance. The study aims to identify miRNA expression differences between responders and non-responders.
The present study includes 21 anaplastic ependymoma patients who received the same treatment regimen (surgery followed by radiotherapy). RNA was extracted from FFPE, and then the concentration and purity were checked. Library preparation of purified RNA samples was performed, then sequenced on the Miseq system.
The expression of miRNAs was examined between the two groups (responder and non-responder ependymoma patients), and the results reveal that five miRNAs (miR-223-5p, miR-29b-3p, miR-29a-3p, miR-190b-5p, and miR-1260b) showed to differentiate between the two groups, with an adjusted P-value less than 0.05. Bioinformatics analysis revealed that certain miRNAs can regulate genes like CCND2, which affects radio-resistance in colorectal cancer patients by activating the JAK/STAT pathway. These findings shed light on the potential role of miRNAs in Ependymoma disease and treatment response, but further research is required to confirm their involvement in radio resistance pathways.

الورم البطاني العصبي هو ثالث أكثر أنواع أورام المخ الأولية شيوعًا عند الأطفال. العلاج الاساسى هو الاستئصال الإجمالي يليه العلاج المساعد (الإشعاع أو نظام معين من العلاج الكيميائي). تختلف استجابات المرضى للعلاج بسبب الاختلافات في بصمتهم الوراثية والتخلقية. يمكن لـ MiRNAs تنظيم جينات متعددة وقد تعمل كمؤشر حيوي للتشخيص والتنبؤ ، بالاضافة الى التنبؤ بمقاومة العلاج الاشعاعى. تهدف الدراسة إلى تحديد اختلافات تعبير ميرنا بين المستجيبين وغير المستجيبين للعلاج.
تشمل هذه الدراسة 21 مريضًا بالورم البطاني العصبي الكشمي الذين تلقوا نفس نظام العلاج (الجراحة تليها العلاج الإشعاعي). تم استخراج الحمض النووي الريبي من FFPE ، ثم تم فحص التركيز والنقاء. و فى النهاية إجراء تحضير المكتبة لعينات الحمض النووي الريبي المنقى ، ثم تسلسلها على نظام Miseq.
تم فحص التعبير عن miRNAs بين المجموعتين (مرضى الورم البطاني العصبي المستجيبين وغير المستجيب للعلاج) ، وكشفت النتائج أن خمسة miRNAs يمكنهم التمييز بين المجموعتين وهما:
miR-223-5p ، miR-29b-3p ، miR-29a-3p ، miR-190b-5p و miR-1260b مع قيمة P معدلة أقل من 0.05. إلى جانب ذلك، كشفت تحليل المعلوماتية الحيوية أن بعض هذه الجزيئات الدقيقة يمكن أن تنظم جينات مثل CCND2 ، مما قد يؤثر على مقاومة العلاج الاشعاعى في مرضى سرطان القولون والمستقيم عن طريق تنشيط مسا JAK / STAT. تلقي هذه النتائج الضوء على الدور المحتمل للـ miRNAs في مرض الورم البطاني العصبي والاستجابة للعلاج ، ولكن هناك حاجة إلى مزيد من البحث لتأكيد مشاركتها في مسارات المقاومة للعلاج الاشعاعى .

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.