Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2024.

Bibliography: pages 66-83.

For patients with sepsis, rapid and accurate pathogen identification is
critical and has a major effect on sepsis-related mortality and morbidity rates.
This study evaluated the performance of a simple, rapid, and inexpensive method
for processing positive blood cultures for immediate identification of
microorganisms using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight
mass spectrometry (MALDI-TOF MS).
This study was performed on 125 positive blood culture bottles collected
from April 2022 to September 2023. We compared using MALDI-TOF for the
identification of microorganisms isolated from positive blood culture bottles on
routine culture media versus the identification of microorganisms directly from
positive blood culture bottles without previous isolation on routine culture media.
The total number of microorganisms isolated by routine subculture
methods was 128 as three bottles had two types of organisms. Out of the 128
organisms isolated by routine subculture method, 97 (75.8%) organisms were
identified to species level using the direct detection method from blood culture
bottles by MALDI TOF. 4 (3.1%) organisms were identified to genus level only
while 3 (2.3%) were wrongly identified. 24 (18.8%) organisms could not be
identified by this direct method.
Conclusion: This method showed great accuracy for the identification of
Gram-negative bacteria, directly from positive blood culture bottles, followed by
Gram-positive bacteria, and very low accuracy for yeasts

يعد التعرف السريع والدقيق على الكائنات الحية الدقيقة المسببة لتسمم الدم أمرًا بالغ الأهمية وله تأثير كبير على معدلات الوفيات بالنسبة للمرضى الذين يعانون من الإنتان. في الطريقة التقليدية لمعالجة عينات مزارع الدم يجب عزل الكائنات الحية الدقيقة من زجاجة مزارع الدم الإيجابية قبل التعرف عليها. ذلك يحتاج الى فترة زمنية تتراوح من ٢٤ إلى ٤٨ ساعة للتعرف على الكائنات الحية الدقيقة المسببة لتسمم الدم.
الهدف من هذه الدراسة تقييم أداء طريقة بسيطة وسريعة وغير مكلفة لمعالجة مزارع الدم الإيجابية للتعرف الفوري على الكائنات الحية الدقيقة باستخدام جهاز قياس الطيف الكتلي عن طريق تأيين الجزيئات في مصفوفة باستخدام الليزر (MALDI-TOF MS).
في هذه الدراسة قمنا بجمع ١٢٥ زجاجة من مزارع الدم الإيجابية في الفترة من أبريل ٢٠٢٢ إلى سبتمبر ٢٠٢٣. وقمنا بمقارنة نتائج التعرف على الكائنات الحية باستخدام MALDI-TOF MS مباشرة من زجاجات مزارع الدم الإيجابية مقابل زرع العينات باستخدام الطريقة الروتينية.
بلغ العدد الإجمالي للكائنات الحية الدقيقة المعزولة بطرق الزرع الروتينية ١٢٨ حيث احتوت ثلاث عينات على نوعين من الكائنات الحية. من بين ١٢٨ كائنًا حيا معزولًا بطريقة الزرع الروتيني، تم التعرف على ۹۷ (۷٥,٨٪) كائنًا حيًا على مستوى الأنواع الفرعية باستخدام طريقة الكشف المباشر من زجاجات زرع الدم بواسطة MALDI TOF. تم تحديد نوع ٤ (٣,١٪) من الكائنات الحية على مستوى الصنف فقط بينما تم التعرف على ٣ (٢,٣٪) بشكل خاطئ. لم يتم التعرف على ٢٤ كائنًا حيًا (١٨,٨٪) بالطريقة المباشرة.
أظهرت هذه الطريقة دقة كبيرة في التعرف على البكتيريا سالبة الجرام (۹٠٪)، مباشرة من زجاجات مزارع الدم الإيجابية، تليها البكتيريا موجبة الجرام (٦۹٪)، ودقة منخفضة جدًا بالنسبة للخمائر (٣٣,٣٪).
في هذه الدراسة، خلصنا إلى أنه يمكن استخدام MALDI-TOF MS للتعرف السريع على الكائنات الحية سالبة الجرام وإيجابية الجرام مباشرة من زجاجات مزارع الدم الإيجابية مقارنة بالطرق التقليدية حتى يمكن اتخاذ الإجراءات العلاجية اللازمة مبكراࣧ.

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.