Development, Egyptian Model Explaining, Burden, Antimicrobial Resistance / by Amany a. Salem ; Under supervision of Prof. Mohamed Hasan Husein, Ass. Prof. Amal Samir Sedrak, Dr. Nermin M. Ghith.

Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023.

Bibliography: pages 87-99.

Antimicrobial resistance (AMR) is one of the key health challenges that face the
globe nowadays. It has various implications for shaping the future of the health and healthcare
industries. It‘s estimated that around 70000 patients die annually due to AMR. AMR not only
a health concern, but It‘s a multifaceted problem as well. AMR has an extensive economic
burden especially in developing countries and represents a global security concern.
Methods: data from ―global sewage surveillance project‖ at Danish technical university in
addition to several published datasets were collected and validated., then exploratory data
analysis and different statistical modelling techniques were used to examine the relationship
between AMR on one hand and different groups of predictors; namely, health system related
factors and, socio-economic factors as well as environmental and behavioral factors.
Generalized linear models and multi-level (random effect) model were applied to the data to
find out the statistically significantly related predictors to AMR burden.
Results: It was found that location as random effect, the proportion of population who have
basic drinking water, care for newborns index and number of all health workers in 10,000
population are the main fixed effects determinants.
Conclusion: The high AMR burden is measured by the number of resistant genes in the
sewage sample that were expressed by FPKM, which stands for fragments per kilobase of
exon per million mapped fragments. This can be explained in several ways. Poor service
delivery such as insufficient newborn care or a shortage of healthcare professionals, are
examples of ineffective healthcare systems. Both variables have negative coefficients that
reflect a greater AMR burden. Additionally, inadequate access to potable water and related
hygienic practices are examples of environmental and behavioral factors that can contribute to
antimicrobial resistance. Basic sanitary and water measures had positive effects on reducing
the burden of AMR, as evidenced by the fact that basic drinking water also had negative
coefficients

مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) هي واحدة من التحديات الصحية الرئيسية التي تواجه العالم في الوقت الحاضر. لها آثار مختلفة لتشكيل مستقبل تقديم الرعاية الصحية بالوسائل التكنولوجيا الحديثة. تشير التقديرات إلى أن حوالي 70000 مريض يموتون سنويًا بسبب مقاومة مضادات الميكروبات. مقاومة مضادات الميكروبات ليست مجرد مشكلة صحية ، ولكنها مشكلة متعددة الأوجه أيضًا. تحمل مقاومة مضادات الميكروبات عبئًا اقتصاديًا كبيرًا خاصة في البلدان النامية ، كما أنها تمثل مصدر قلق أمني عالمي.
المنهجية:
تم جمع بيانات من "مشروع المراقبة والترصد لمياه الصرف الصحي العالمي" في جامعة Danich التقنية بالإضافة إلى العديد من مجموعات البيانات المنشورة والتحقق من صحتها واكتمالها . ثم تم استخدام تحليل البيانات الاستكشافية وتقنيات النمذجة الإحصائية المختلفة لفحص العلاقة بين مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) من ناحية ومجموعات مختلفة من العوامل المتعلقة بالنظام الصحي والعوامل الاجتماعية والاقتصادية وكذلك العوامل البيئية والسلوكية التي تساعد على التنبؤ بمدى التأثير على مدى شدة مقاومة المضادات الميكروبية . بالنسبة للتناول والتحليل الإحصائى فقد تم تطبيق النماذج الخطية المعممة والنموذج متعدد المستويات (التأثير العشوائي) على البيانات لمعرفة المتنبئات ذات الصلة الإحصائيًة بشدة عبء مقاومة مضادات الميكروبات.
النتائج:
وجد أن التجمعات الجغرافية لها علاقة بشدة عبء مقاومة مضادات الميكروبات كمؤثر عشوائي ونسبة السكان الذين لديهم مياه شرب أساسية ومؤشر رعاية المواليد وعدد جميع العاملين الصحيين لكل 10000 نسمة هي المحددات الرئيسية للتأثيرات الثابتة.
الخلاصة والاستنتاج:
إن شدة إرتفاع العبء لمقاومة مضادات الميكروبات والمقاس بعدد الجينات المقاومة في عينة مياه الصرف الصحي باستخدام الوحدة القياسية FPKM (والتي تعني شظايا لكل كيلو قاعدة من exon لكل مليون جزء معين.) يمكن أن يكون أو يعزى إلى:
1-أنظمة الرعاية الصحية غير الفعالة و ضعف تقديم الخدمات الصحية مثل عدم كفائة رعاية الأطفال حديثي الولادة أو نقص المتخصصين في الرعاية الصحية.
2-عدم توافر المياة الصالحة للشرب.
3-الممارسات غير الصحية من عامة الناس.
وأكدت النماذج الإحصائية على هذه التأثيرات السلبىية بزيادة شدة اتفاع نسب المقاومة لمضادات الميكروبات عن طريق دلالة العلاقات الإحصائية لتقليل عبء المقاومة لمضادات الميكروبات بتحسين تدابير مياة الشرب الأساسية كما إتضح من معامل "بيتا" ß السلبى في النماذج الخطية

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.