000			05877namaa22004331i 4500
003			OSt
005			20250306112353.0
008			250306s2024 |||a|||f m||| 000 0 eng d
040			_aEG-GICUC _beng _cEG-GICUC _dEG-GICUC _erda
041	0		_aeng _beng _bara
049			_aDeposit
082	0	4	_a660.6
092			_a660.6 _221
097			_aM.Sc
099			_aCai01.12.25.M.Sc.2024.La.M.
100	0		_aLaila Ashraf Hassan Mohamed Abdel Samad, _epreparation.
245	1	0	_aMetagenomic analysis of extremophilic microorganism / _cBy Laila Ashraf Hassan Mohamed Abdel Samad; supervision Prof. Dr. Bahia Riad, Prof. Dr. Kohar Garo, Dr. Mohamed Elhadidi.
246	1	5	_aالتحليل البعدى للكائنات الحية الدقيقة /
264		0	_c2024.
300			_a70 pages : _billustrations ; _c25 cm. + _eCD.
336			_atext _2rda content
337			_aUnmediated _2rdamedia
338			_avolume _2rdacarrier
502			_aThesis (M.Sc.)-Cairo University, 2024.
504			_aBibliography: pages 52-69.
520			_aThere is a global demand for altering the direction through which bioactive molecules are obtained, arising from the challenges being faced in both the health and industrial sectors. Ranging from the antibiotic resistance dilemma as well as the multidrug resistance (MTG) among anticancer drugs; To the global increase in the industrial enzyme market. Accordingly, multidisciplinary work has been exerted towards the study of microbial communities across the globe as an alternative source of bioactive molecules with greater attention to the extremophilic groups. One of the largest, most dynamic biomes that are characterized by heterogeneous geochemical and physical proprieties is the deep subsurface biosphere. Additionally, it has been reported that such sites are rich with carbon-fixing microorganisms that surpass marine environments. Consequently, codon usage bias analysis in such challengingly inaccessible sites can help distinguish highly expressed genes under certain environmental factors. This elucidates the molecular mechanisms and biochemical pathways of environmental adaptation from genomic data. Measure Independent of Length and Composition (MILC) in Codon R was used to calculate CUB in 26 samples across the Costa Rican subduction zones. Enrichment analysis based on MILC values revealed CUB towards pathways for carbon fixation suggesting that the deep biosphere may play a role in reducing the carbon footprint. Furthermore, pathways of methane and sulfur metabolism as well as biosynthesis of antibiotics and secondary metabolites were exhibited and could have valuable biotechnological applications.
520			_aهناك طلب عالمي على تغيير الاتجاه الذي يتم من خلاله الحصول على الجزيئات النشطة بيولوجيا، وذلك نتيجة للتحديات التي يواجهها كل من القطاعين الصحي والصناعي. تتراوح بين معضلة مقاومة المضادات الحيوية وكذلك مقاومة الأدوية المتعددة (MTG) بين الأدوية المضادة للسرطان؛ إلى الزيادة العالمية في سوق الإنزيمات الصناعية. وبناء على ذلك، تم بذل عمل متعدد التخصصات نحو دراسة المجتمعات الميكروبية في جميع أنحاء العالم كمصدر بديل للجزيئات النشطة بيولوجيا مع إيلاء اهتمام أكبر للمجموعات المتطرفة. واحدة من أكبر المناطق الأحيائية وأكثرها ديناميكية والتي تتميز بخصائص جيوكيميائية وفيزيائية غير متجانسة هي المحيط الحيوي العميق تحت السطح. بالإضافة إلى ذلك، فقد تم الإبلاغ عن أن هذه المواقع غنية بالكائنات الحية الدقيقة المثبتة للكربون والتي تتفوق على البيئات البحرية. وبالتالي، فإن تحليل تحيز استخدام الكودون في مثل هذه المواقع التي يصعب الوصول إليها يمكن أن يساعد في التمييز بين الجينات التي يتم التعبير عنها بشكل كبير في ظل عوامل بيئية معينة. وهذا يوضح الآليات الجزيئية والمسارات البيوكيميائية للتكيف البيئي من البيانات الجينومية. تم استخدام القياس المستقل عن الطول والتركيب (MILC) في Codon R لحساب CUB في 26 عينة عبر مناطق الاندساس في كوستاريكا. كشف تحليل التخصيب بناءً على قيم MILC أن CUB يتجه نحو مسارات تثبيت الكربون، مما يشير إلى أن المحيط الحيوي العميق قد يلعب دورًا في تقليل البصمة الكربونية. علاوة على ذلك، تم عرض مسارات استقلاب الميثان والكبريت وكذلك التخليق الحيوي للمضادات الحيوية والمستقلبات الثانوية ويمكن أن يكون لها تطبيقات تكنولوجية حيوية قيمة
530			_aIssued also as CD
546			_aText in English and abstract in English.
650		7	_aBiotechnology _2qrmak
653		0	_acodon usage bias _asubsurface metagenome _aMILC analysis
700	0		_aBahia Riad _ethesis advisor.
700	0		_aKohar Garo _ethesis advisor.
700	0		_aMohamed Elhadidi _ethesis advisor.
900			_b01-01-2024 _cBahia Riad _cKohar Garo _cMohamed Elhadidi _UCairo University _FFaculty of Science _DDepartment of Biotechnology
905			_aSara
942			_2ddc _cTH _e21 _n0
999			_c171101