.Thesis (Ph.D)-Cairo Univsersity,2022.

Bibliography: p. 51-65.

DNA Integrity index (DNA Int) and cell-free DNA (cfDNA) represent promising biomarkers for
epithelial ovarian cancer (EOC) detection. Tumor necrosis produces DNA fractions of different
sizes, which contrasts apoptosis in normal tissue that releases smaller and more regular DNA
fragments. Using ALU gene primers in quantitative PCR, the amplified cfDNA is supposed to be
either short fragments of 115 bp (ALU 115) or long fragments of 247 bp (ALU 247). ALU levels
and DNA Int were determined in the plasma of 30 EOC patients, 30 benign cysts, and 15 healthy
individuals. The mean values of DNA Int, ALU115, and ALU247 were elevated in malignant
patients (0.51±0.09, 3.93 ng/ul ±1.93, 2.35 ng/ul ±1.1) respectively in comparison to healthy
females (0.37±0.05; p < 0.001, 2.56 ng/ul ±0.9; p=0.027, 1.26±0.44; p< 0.01). A significant
increase was shown in the mean values of DNA Int and ALU247 of EOC patients compared to
those with benign cysts (0.4±0.06, p <0.001; 1.69±0.66, p =0.008) respectively. The area under
the curve (AUC) for EOC versus healthy females achieved 0.913 (DNA Int), 0.696 (ALU115),
and 0.809 (ALU247) with sensitivities and specificities were (86.7% and 93.3%) for DNA Int,
(63.3% and 86.7%) for ALU115 and (76.7% and 86.7%) for ALU247 respectively. Furthermore,
comparing patients with EOC versus those with benign cysts gave AUC of 0.834 (DNA Int), 0.564
(ALU115), and 0.681 (ALU247) with sensitivities and specificities were (80% and 80%) for DNA
Int, (63.3% and 60%) for ALU115 and (60% and 80%) for ALU247 respectively. Higher DNA Int
and plasma ALU247 could help in the assessment of EOC, and their measurements seem to have
clinical value in diagnosis

يعتبر مؤشر االستقامه للحمض النووي والحمض النووي الخلوي الحر من المؤشرات الحيوية الواعدة للكشف عن سرطان المبيض الظهاري. حيث وجد ان موت الخاليا الناتج عن نخر االورام ينتج عنه أجزاء من الحمض النووي بأحجام مختلفة ، مما يتناقض مع موت الخاليا المبرمج في األنسجة الطبيعية التي تطلق أجزاء صغيره من الحمض النووي حيث تكون اكثر انتظا ًما في الحجم. في هذه الدراسه تم قياس نسبه تركيز كال من االجزاء الصغيره (ALU115 (باالضافه الي االجزاء الطويله من الحمض النووي الخلوي الحر (ALU247 (باستخدام تفاعل البلمره المتسلسل الكمي باالضافه الي قياس مؤشر االستقامه للحمض النووي الخلوي الحر (Int DNA (في ثالثه مجموعات تتضمن مرضي سرطان مبيض، مرضي اورام المبيض الحميده وسيدات اصحاء. اظهرت النتائج زياده ملحوضه لمتوسطات كال من Int DNA ، ALU115 ،ALU247 في مجموعه مرضي سرطان االفراد بمجموعه مقارنه(( 1.1 ± ميكرولتر/نانوجرام 2.35( ،)1.93± ميكرولتر/نانوجرام 3.93 (،(0.09 ±0.51)( المبيض وزياده. الترتيب علي(( 0.44± ميكرولتر/نانوجرام 1.26) ،)0.9± ميكرولتر/نانوجرام 2.65( ،)0.05±0.37(( االصحاء ملحوظه في كال من Int DNA و ALU247 عند المقارنه بمرضي اورام المبيض الحميده ))4.0±06.0( ،)69.1 نانوجرام/ميكرولتر ±66.0 ))علي الترتيب. تم استخدام منحنى خصائص تشغيل المستقبل ROC كانت نتائج المنطقة تحت ان مرضي مقارنه عند) 0.913،0.698،0.809( كاالتي ALU247 ،ALU115 ،DNA Int من لكل( AUC( المنحنى السرطان ومجموعه السيدات االصحاء علي الترتيب. فيما كانت نتائج المنطقة تحت المنحني AUC كاالتي )68.0،56.0،83.0 ) علي الترتيب، عند مقارنه مجموعه مرضي سرطان المبيض الظهاري ومرضي اورام المبيض الحميده. وصلت حساسيه ونوعييه Int DNA الي %7.86% ، 9.93 عند المقارنه بالسيدات االصحاء و 80 %و 80 %عند المقارنه بمرضي االورام الحميده. هناك أدلة واعدة على أن زياده مؤشر االستقامه للحوي و االجزاء الطويله من الحمض النووي الحر في بالزما الدم قد أن توفر قياس كال منهم طرق تشخيص ميسورة التكلفة وأقل تدخالً يرتبط بااالصابه باالورام الخبيثه ، ويمكن للكشف عن السرطان.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.