Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 44-59.

This study investigates the composition and distribution of Lactobacillus species in the gastrointestinal tract (GIT) of 18-days-old broiler chickens, with a focus on the cecum. Lactobacilli, crucial for digestion and stomach health, play a pivotal role in the delicate microbial balance of the chicken GIT. The research aimed to isolate and identify Lactobacillus strains, quantify their presence in the ileum and cecum, and elucidate their genetic relationships using 16S rRNA gene sequencing.
Lactobacillus isolates were obtained from the gut content of 50 broiler chickens and identified through morphological, cultural, and biochemical characterization. The colony-forming unit (CFU/g) counts of lactobacilli in the ileum and cecum were determined. Genus-specific primers targeting the 16S rRNA gene were utilized for PCR detection, and subsequent sequencing confirmed the molecular identification of 14 lactobacilli isolates. A Neighbor- Joining phylogenetic tree was constructed based on these sequences to elucidate the genetic relationships among the isolates.
The study revealed the successful isolation of 50 Lactobacillus strains from broiler chicken guts, with higher CFU counts in the cecum (8.061) compared to the ileum (5.699). The 16S rRNA gene sequencing confirmed the molecular identity of these isolates as Lactobacillus spp. The obtained sequences exhibited high similarity (97-99%) and 99% query coverage, with accession numbers assigned in the GenBank database. The phylogenetic tree illustrated distinct genetic clusters, particularly within L.Crispatus isolates, emphasizing the reliability of 16S rRNA gene sequencing for species-level identification.
In conclusion, the study underscores the importance of Lactobacilli in maintaining gastrointestinal well-being in chickens. The identified L.Crispatus strains exhibit promise as probiotic supplements, providing a technologically and ecologically suitable intervention for enhancing poultry health.

تهدف هذه الدراسة إلى فحص تركيب وتوزيع أنواع اللاكتوباسيلوس في الجهاز الهضمي لدجاج اللحم عند عمر 18 يومًا، مع التركيز على الاعور. تلعب اللاكتوباسيلوس دورًا حيويًا في الهضم وصحة المعدة، حيث تلعب دورًا محوريًا في التوازن البكتيري الدقيق لجهاز الهضم لدى الدجاج. كانت البحث يهدف إلى عزل وتحديد سلالات اللاكتوباسيلوس، وقياس وجودها في الامعاء الغليظة و الاعور، وتوضيح العلاقات الجينية باستخدام تسلسل جين .16S rRNA
تم الحصول على عزلات من اللاكتوباسيلوس من محتوى الأمعاء لدى 50 دجاجة لحم وتم التعرف عليها من خلال التوصيف الظاهري و الجيني. تم تحديد عدد وحدات تكوين الكولوني (CFU/g) لللاكتوباسيلوس في الامعاء الغليظة و الاعور. تم استخدام مبدلات جينوس مستهدفة لجين 16S rRNA لاكتشاف PCR، وتم التحقق فيما بعد من التعرف الجزيئي لـ 14 عزلة من اللاكتوباسيلوس باستخدام تسلسل الجين. تم بناء شجرة فيلوجينية باستخدام تسلسلات هذه الجينات لتوضيح العلاقات الجينية بين المعزولات
كشفت الدراسة عن نجاح عزل 50 سلالة من اللاكتوباسيلوس من أمعاء دجاج اللحم، مع أعداد CFU أعلى في الاعور (8.061) مقارنة بالإيليوم (5.699). أكد تسلسل جين 16S rRNA هوية هذه العزلات جزيئيا. كانت التسلسلات المحصل عليها تظهر تشابهًا عاليًا (97-99%) وتغطية استعلام 99%، مع تخصيص أرقام الوصول في قاعدة بيانات GenBank. أوضحت شجرة الفيلوجيني تجمعات جينية متميزة، خاصة في عزلات L. crispatus، مما يبرز موثوقية تسلسل جين 16S rRNA في التعرف على مستوى الأنواع داخل جنس اللاكتوباسيلوس
تساهم هذه الدراسة في تقديم رؤى قيمة حول العلاقة بين الأنظمة البيئية للميكروبات وصحة العائلة في الدواجن. يشير التماسك التفضيلي للكولونيات من اللاكتوباسيلوس في منطقة اللفيف إلى دورها الحيوي في الجهاز الهضمي. تبرز الفوائد المثبتة لتكملة اللاكتوباسيلوس إمكانية استخدامها كتدخل استراتيجي لتحسين نمو الفراخ والأداء العام. يؤكد التقارب الجيني الملاحظ في شجرة الفيلوجيني موثوقية تسلسل جين 16S rRNA في التعرف على مستوى الأنواع داخل جنس اللاكتوباسيلوس
في الختام، تؤكد الدراسة على أهمية اللاكتوباسيلوس في الحفاظ على الصحة الجهاز الهضمي للدواجن. تظهر سلالات L.crispatus المحددة وعدًا كبيرًا كمكملات بروبيوتيك، مما يوفر تدخلاً تكنولوجيًا وبيئيًا مناسبًا لتعزيز صحة الدواجن

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.