Analysis of genetic polymorphisms in milk fat candidate genes in the egyptian and indian buffalo /
Mohamed Adel Zakaria Zahran,
Analysis of genetic polymorphisms in milk fat candidate genes in the egyptian and indian buffalo / تحليل تعدد الأنماط الوراثية فى الجينات المرشحة لتكوين دهن اللبن فى الجاموس المصرى والهندى by Mohamed Adel Zakaria Zahran ; Supervisors Dr. Hossam Eldin Rushdi Ahmed, Dr. Hamdy Abdel-Shafy Abd–Rabbo Hanafy, Dr. Samy Abou-Bakr Mahmoud. - 86 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023.
Bibliography: pages 67-86.
The current study aimed to investigate genetic diversity among Egyptian, Murrah, and Bhadawari buffalo populations, as well as analyze polymorphisms in glycerol-3-phosphate acyltransferase mitochondrial (GPAM), diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1), and stearoyl-coenzyme A desaturase 1 (SCD1) genes in the Egyptian buffalo breed. Genotyping was performed using PCR-SSCP and direct sequencing methods. The results indicated significant deviations from Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) in the Egyptian buffalo breed for GPAM, DGAT1, and SCD1 genes. Murrah buffalo significantly deviated at both DGAT1 and SCD1 genes. Bhadawari buffalo significantly deviated from HWE only for DGAT1 gene. Pairwise comparison between populations revealed the shortest genetic distance between the Egyptian and Murrah buffalo, while the longest distance was observed between Bhadawari and Murrah buffalo breeds. Multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in the three genes analyzed in the Egyptian buffalo, with several non-synonymous substitutions. These findings unveil novel genetic variants that may impact lipid metabolism and milk quality in the Egyptian buffalo. Further investigations are needed to elucidate the functional significance and potential breeding applications of the identified variations. تبحث هذه الدراسة في تعدد الأشكال المظهرية لجينات الميتوكوندريا جليسيرول -3- فوسفات أسيل ترانسفيراز (GPAM)، داي أسيل جليسيرول -أُو- أسيل ترانسفيراز 1 (DGAT1)، بالإضافة لجين سترويل كو انزيم ايه ديساتيوريز 1 (SCD1) في الجاموس المصري، وكذلك تستكشف التنوع الوراثي بين سلالات الجاموس المصري Egyptian buffalo ، وجاموس مورا Murrah ، وجاموس بهاداواري Bhadawari. تم إجراء التنميط الجيني باستخدام تقنيةPCR-SSCP وطريقة التسلسل الجينى gene sequencing. تشيرالنتائج إلى انحرافات كبيرة عن توازن هاردي - فاينبرج في الجاموس المصري للجينات الثلاثة، مع وجود انحراف فى عشيرة جاموس مورا بشكل كبير في جينات SCD1، DGAT1. بإلاضافة لذلك، وجد أن جين DGAT1 هو الجين الوحيد الذي ينحرف بشكل كبير عن اتزان هاردى - فاينبرج في سلالة بهاداواري. كذلك كشفت المقارنة الزوجية بين السلالات الثلاثة عن مسافات جينية متفاوتة، مع ملاحظة أن أقصر مسافة وجدت كانت بين الجاموس المصري وجاموس مورا، فى حين أن أطول مسافة كانت بين سلالة بهاداواري ومورا. كذلك تم تحديد تعدد الأنماط الوراثية الناتج عن التغير على مستوى النيوكليوتيدة الواحدة (SNP) في الجينات الثلاثة فى الجاموس المصرى، مع تحديد مايترتب على ذلك من تغير فى الأحماض الأمينية. تكشف هذه النتائج عن اختلافات جينية جديدة ذات آثار محتملة على عملية تمثيل الدهن وجودة اللبن في الجاموس المصري. لذلك لابد من إجراء المزيد من الدراسات لفهم الأهمية الوظيفية لهذه الاختلافات وكيفية الإستفادة منها فى برامج التحسين الوراثى لإنتاج اللبن الجاموسى.
Text in English and abstract in Arabic & English.
Buffalo
River buffalo candidate genes genetic diversity milk fat percentage.
599.642
Analysis of genetic polymorphisms in milk fat candidate genes in the egyptian and indian buffalo / تحليل تعدد الأنماط الوراثية فى الجينات المرشحة لتكوين دهن اللبن فى الجاموس المصرى والهندى by Mohamed Adel Zakaria Zahran ; Supervisors Dr. Hossam Eldin Rushdi Ahmed, Dr. Hamdy Abdel-Shafy Abd–Rabbo Hanafy, Dr. Samy Abou-Bakr Mahmoud. - 86 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2023.
Bibliography: pages 67-86.
The current study aimed to investigate genetic diversity among Egyptian, Murrah, and Bhadawari buffalo populations, as well as analyze polymorphisms in glycerol-3-phosphate acyltransferase mitochondrial (GPAM), diacylglycerol O-acyltransferase 1 (DGAT1), and stearoyl-coenzyme A desaturase 1 (SCD1) genes in the Egyptian buffalo breed. Genotyping was performed using PCR-SSCP and direct sequencing methods. The results indicated significant deviations from Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) in the Egyptian buffalo breed for GPAM, DGAT1, and SCD1 genes. Murrah buffalo significantly deviated at both DGAT1 and SCD1 genes. Bhadawari buffalo significantly deviated from HWE only for DGAT1 gene. Pairwise comparison between populations revealed the shortest genetic distance between the Egyptian and Murrah buffalo, while the longest distance was observed between Bhadawari and Murrah buffalo breeds. Multiple single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in the three genes analyzed in the Egyptian buffalo, with several non-synonymous substitutions. These findings unveil novel genetic variants that may impact lipid metabolism and milk quality in the Egyptian buffalo. Further investigations are needed to elucidate the functional significance and potential breeding applications of the identified variations. تبحث هذه الدراسة في تعدد الأشكال المظهرية لجينات الميتوكوندريا جليسيرول -3- فوسفات أسيل ترانسفيراز (GPAM)، داي أسيل جليسيرول -أُو- أسيل ترانسفيراز 1 (DGAT1)، بالإضافة لجين سترويل كو انزيم ايه ديساتيوريز 1 (SCD1) في الجاموس المصري، وكذلك تستكشف التنوع الوراثي بين سلالات الجاموس المصري Egyptian buffalo ، وجاموس مورا Murrah ، وجاموس بهاداواري Bhadawari. تم إجراء التنميط الجيني باستخدام تقنيةPCR-SSCP وطريقة التسلسل الجينى gene sequencing. تشيرالنتائج إلى انحرافات كبيرة عن توازن هاردي - فاينبرج في الجاموس المصري للجينات الثلاثة، مع وجود انحراف فى عشيرة جاموس مورا بشكل كبير في جينات SCD1، DGAT1. بإلاضافة لذلك، وجد أن جين DGAT1 هو الجين الوحيد الذي ينحرف بشكل كبير عن اتزان هاردى - فاينبرج في سلالة بهاداواري. كذلك كشفت المقارنة الزوجية بين السلالات الثلاثة عن مسافات جينية متفاوتة، مع ملاحظة أن أقصر مسافة وجدت كانت بين الجاموس المصري وجاموس مورا، فى حين أن أطول مسافة كانت بين سلالة بهاداواري ومورا. كذلك تم تحديد تعدد الأنماط الوراثية الناتج عن التغير على مستوى النيوكليوتيدة الواحدة (SNP) في الجينات الثلاثة فى الجاموس المصرى، مع تحديد مايترتب على ذلك من تغير فى الأحماض الأمينية. تكشف هذه النتائج عن اختلافات جينية جديدة ذات آثار محتملة على عملية تمثيل الدهن وجودة اللبن في الجاموس المصري. لذلك لابد من إجراء المزيد من الدراسات لفهم الأهمية الوظيفية لهذه الاختلافات وكيفية الإستفادة منها فى برامج التحسين الوراثى لإنتاج اللبن الجاموسى.
Text in English and abstract in Arabic & English.
Buffalo
River buffalo candidate genes genetic diversity milk fat percentage.
599.642