Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 86 -105.

Background: Breast cancer is the most common cancer among women, with an
estimated 2.3 million new cases diagnosed globally each year. It is characterized
by various genetic variants. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) can alter
cancer risk and may serve as potential markers for carcinogenesis. DNA repair
genes play a crucial role in maintaining genome integrity, and allelic variants of
these genes are involved in the initiation of carcinogenesis, potentially
increasing breast cancer risk. Several studies have assessed the role of SNPs in
DNA repair genes related to breast cancer susceptibility. The polymorphisms of
the XRCC1 (X-ray repair cross complementing 1), XRCC2 (X-ray repair cross
complementing 2), and RAD51 (RAD51 Recombinase) genes have been widely
investigated in breast cancer. However, little is known about the contribution of
these polymorphisms in Middle Eastern populations, and no previous study has
investigated their role in Egyptian breast cancer patients.
Aim of study: Our study aims to determine the prevalence of SNPs in DNA
repair genes XRCC1 (rs25487), XRCC2 (rs3218536), and RAD51 (rs2619679)
among Egyptian breast cancer patients compared to healthy volunteers.
Additionally, we seek to identify the association of the genetic polymorphisms
of DNA repair genes with breast cancer progression. This work studies a genetic
association of these DNA repair gene variants in Egyptian breast cancer patients,
offering novel findings on population-specific breast cancer susceptibility.
Materials and Methods: The study included 100 Egyptian participants
diagnosed with breast cancer, categorized as non-inflammatory breast cancer
(non-IBC) (n=51) and inflammatory breast cancer (IBC) (n=49), along with a
control group of 101 healthy volunteers. Genetic analysis of XRCC1 (rs25487)
G/A SNP was performed using T-ARMS-PCR, XRCC2 (rs3218536) A/G SNP






was analyzed using ARMS-PCR, and RAD51 (rs2619679) A/T SNP was
examined using RFLP-PCR and the High-Resolution Melting assay. Genotypes
and haplotypes were assessed using SNPstats statistical analysis to determine
associations with breast cancer risk and subtypes.
Results: For the XRCC1 (rs25487) G/A SNP, there was a highly significant
difference in the genotypes GA, AA, and GG between the healthy volunteers and
breast cancer patient groups (P <0.0001). The high-risk G/A-A/A allele was
significantly more frequent in IBC than in non-IBC group (P =0.0016). For the
XRCC2 (rs3218536) A/G SNP, there was a highly significant difference in the
genotypes AA, AG, and GG between the healthy volunteers and breast cancer
patient groups (P <0.0001). The high-risk A/G-G/G allele was significantly more
frequent in IBC than in non-IBC group (P =0.017). For the RAD51 (rs2619679)
A/T SNP, there was a highly significant difference in the genotypes AA, AT, and
TT between the healthy volunteers and breast cancer patient groups (P <0.0001).
In addition, we found that high-risk A/T-T/T allele was significantly more
frequent in IBC than in non-IBC group (P =0.038). Haplotype analysis of
XRCC1, XRCC2, and RAD51 among breast cancer (BC) patient groups, healthy
volunteers, and BC subtypes (non-IBC and IBC) revealed that the GGA
haplotype was significantly associated with increased susceptibility to breast
cancer (P =0.048). However, no significant correlation was found between these
haplotypes and prognostic factors such as age, tumor size, grade, lymph node
metastasis, lymphovascular invasion, or disease progression in both non-IBC
and IBC groups.

Conclusion: The findings suggest there is an association between the incidence
of XRCC1 rs25487, XRCC2 rs3218536, and RAD51 rs2619679 SNPs
particularly the high-risk genotypes, are significantly associated with an
increased risk of breast cancer. Additionally, specific mutant haplotypes
demonstrate a strong correlation with breast cancer susceptibility. However,
there is no correlation detected between progression of either non-IBC or IBC
and these SNPs.

الخلفية: سرطان الثدي هو السرطان الأكثر شيوعًا بين النساء، حيث يتم تشخيص ما يقدر بنحو 2.3 مليون حالة جديدة على مستوى العالم كل عام. يتميز بتغيرات جينية مختلفة في جينات متعددة. يمكن أن تغير تعدد أشكال النوكليوتيدات الفردية (SNPs) خطر الإصابة بالسرطان وقد تكون بمثابة علامات محتملة لحدوث السرطان. تلعب جينات إصلاح الحمض النووي دورًا مهمًا في الحفاظ على سلامة الجينوم، وتشارك المتغيرات الأليلية لهذه الجينات في بدء التسرطن، مما قد يزيد من خطر الإصابة بسرطان الثدي. قامت العديد من الدراسات بتقييم دور تعدد الأشكال الجينية (SNPs) في جينات إصلاح الحمض النووي المتعلقة بقابلية الإصابة بسرطان الثدي. تم التحقيق على نطاق واسع في تعدد أشكال جينات XRCC1,XRCC2 و RAD51 حول سرطان الثدي.ومع ذلك، لا تتوافر معلومات كافية حول مساهمة هذه الطفرات في سكان منطقة الشرق الأوسط، ولم تُجرَ أي دراسة سابقة لتقصّي دورها لدى مرضى سرطان الثدي في مصر.
هدف الدراسة: تهدف هذه الدراسة إلى تحديد مدى انتشار تعددات النوكليوتيد المفردة في جينات إصلاح الحمض النووي XRCC1 (rs25487) وXRCC2 (rs3218536) وRAD51(rs2619679) بين مرضى سرطان الثدي المصريين مقارنةً بالمتطوعين الأصحاء. كما تهدف إلى الكشف عن العلاقة بين هذه التعددات الجينية وخطر الإصابة بسرطان الثدي، بالإضافة إلى علاقتها بالتشخيص السيئ لدى المرضى المصريين.ومع ذلك، لا يُعرف الكثير عن مساهمة هذه التعددات الجينية في سكان الشرق الأوسط، ولم تُجرَ أي دراسة سابقة حول دورها في مرضى سرطان الثدي المصريين.يمثل هذا العمل أول دراسة ارتباط جيني لهذه المتغيرات في جينات إصلاح الـDNA لدى السكان المصريين، مما يوفر رؤى جديدة حول القابلية للإصابة بسرطان الثدي الخاصة بالسكان.تتناول هذه الدراسة الارتباطات الجينية لمتغيرات جينات إصلاح الحمض النووي لدى مرضى سرطان الثدي في مصر، مقدّمةً نتائج جديدة تتعلق بقابلية الإصابة بسرطان الثدي الخاصة بالسكان.
المواد والطُرُق: شملت الدراسة 100 مشاركًا مصري تم تشخيص إصابتهم بسرطان الثدي المصنف على أنه سرطان الثدي غير الالتهابي (non-IBC) (n = 51) وسرطان الثدي الالتهابي (n = 49)، إلى جانب مجموعة تحكم من 101 متطوع سليم. تم إجراء تحليل جيني XRCC1 (rs25487) G/A SNP باستخدام T-ARMS-PCR، XRCC2 (rs3218536) تم تحليل A/G SNP باستخدام ARMS-PCR، و RAD51 (rs2619679) A/TباستخدامRFLP-PCR. تم تقييم الأنماط الجينية (Genotypes) والتراكيب الجينية (Haplotypes) باستخدام التحليل الإحصائي SNPstats، وذلك بهدف تحديد العلاقة بين هذه المتغيرات الجينية وخطر الإصابة بسرطان الثدي وأنواعه المختلفة.
النتائج: أظهرت النتائج المتعلقة بتعدد النوكليوتيدات الأحادي SNP XRCC1 (rs25487) G/Aوجود فرق معنوي عالي في توزع الأنماط الجينية GA، AA، GGبين مريضات سرطان الثدي والمجموعة الضابطة من المتطوعات السليمات (P<0.0001) . كما تبين أن الأليل عالي الخطورة G/A-A/Aكان أكثر تكرارًا بشكل معنوي في مجموعة مريضات سرطان الثدي الالتهابي (IBC) مقارنةً بمريضات سرطان الثدي غير الالتهابي.(P =0.0016) (non-IBC)أما بالنسبة لتعدد XRCC2 (rs3218536) A/G، فقد أظهر أيضًا فرقًا معنويًا عاليًا في الأنماط الجينية AA، AG، GGبين مجموعتي الدراسة(P<0.0001) ، وكان الأليل عالي الخطورة A/G-G/Gأكثر شيوعًا بشكل ملحوظ في مجموعة الـIBC مقارنةً بالـ.(P =0.017)non-IBCوفيما يتعلق بتعدد RAD51 (rs2619679) A/T، لوحظ فرق معنوي كبير في توزع الأنماط الجينية AA، AT، TTبين مريضات سرطان الثدي والمتطوعات السليمات(P<0.0001) ، بالإضافة إلى أن الأليل عالي الخطورة A/T-T/Tكان أكثر انتشارًا بشكل معنوي في مجموعة الـIBC مقارنةً بمجموعة الـ .non-(P=0.038) .IBCأظهر تحليل التراكيب الجينية (haplotypes) لتعددات XRCC1، XRCC2، وRAD51بين مريضات سرطان الثدي، والمتطوعات الأصحاء، وكذلك بين النوعين الفرعيين للمرض (non-IBC وIBC)، أن التركيب GGAكان مرتبطًا بشكل معنوي بزيادة القابلية للإصابة بسرطان الثدي.(P<0.048) ومع ذلك، لم تُظهر التحليلات الإحصائية وجود ارتباط معنوي بين هذه التراكيب الجينية والعوامل التنبؤية مثل العمر، حجم الورم، الدرجة النسيجية، انتقال العقد الليمفاوية، الغزو الوعائي الليمفاوي، أو تطور المرض في كل من مجموعتي non-IBC وIBC.
الاستنتاج: تشير النتائج إلى وجود ارتباط بين حدوث تعددات النوكليوتيدات الأحادية XRCC1 rs25487، وXRCC2 rs3218536، وRAD51 rs2619679، وخاصة الأنماط الجينية عالية الخطورة، وزيادة خطر الإصابة بسرطان الثدي. كما أظهرت بعض التراكيب الجينية الطافرة (haplotypes) ارتباطًا قويًا بقابلية الإصابة بالمرض. ومع ذلك، لم يتم الكشف عن أي علاقة ذات دلالة إحصائية بين تطور المرض في كل من سرطان الثدي الالتهابي (IBC) وغير الالتهابي (non-IBC) وهذه التعددات الجينية.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.