Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 44-87.

Antimicrobial resistance poses a significant threat to the effectiveness of essential antimicrobial agents used to treat infectious diseases, largely due to the discriminate use of antibiotics and limited diagnostic tool. This study aimed to investigate the role of in the development and transmission of antimicrobial resistance among apparently healthy camels in Egypt. A total of 121 fecal samples were collected from camels in various abattoirs in Egypt. Conventional culturing and biochemical identification methods were used to isolate E. coli strains. Polymerase chain reaction was performed to detect Carbapenemase-encoding genes (bet-lactamases, metallobeta-lactamases), mobilized colistin resistance genes mcr-1 to mcr-5, and Shiga toxin genes (Stx1 and Stx2). Seventy five isolates of E.coli were recovered. Among them, 27 strains were carbapenemase producers, Resistance genes mcr-1, mcr-2, mcr-3 and mcr-4 detected in 3, 2, 21 and 3 strains respectively. Additionally, 1 strain (1.3%) tested positive for Stx1, and 5 (6.6%) for Stx2. These findings suggest that camels in Egypt may serve as reservoirs for AMR E.coli, posing a potential risk of transmission to humans directly or through food chain.

أُجريت هذه الدراسة لتحديد دور الإشريكية القولونية (Escherichia coli) في مقاومة مضادات الميكروبات لدى الإبل في مصر، من خلال العزلات المأخوذة من عينات براز لإبل تبدو سليمة ظاهريًا. تم جمع 121 عينة براز من الإبل من عدة مسالخ في مصر. وقد أُجري عزل وتحديد الإشريكية القولونية باستخدام الطرق التقليدية للزرع والتشخيص الكيميائي الحيوي. خضعت جميع العزلات المستخلصة إلى التنميط الجيني باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) للكشف عن جينات ترميز الكاربابينيميز (blaOXA-48 ، blaNDM، blaVIM، وblaKPC)، بالإضافة إلى جينات مقاومة الكوليستين (mcr-1 إلى mcr-5)، وجينات ترميز سموم شيغا (Stx1 وStx2). كشفت التحاليل البكتريولوجية عن وجود 75 عزلة من الإشريكية القولونية. وقد بلغ معدل انتشار السلالات المنتجة للكاربابينيميز بين هذه العزلات 27 سلالة، منها 7 تحمل جين blaOXA-48 ، و14 تحمل blaNDM، و6 تحمل blaVIM، في حين لم يُكتشف وجود أي سلالات تحمل blaKPC..أما بالنسبة لجينات mcr، فقد تم الكشف عن mcr-1 وmcr-2 وmcr-3 وmcr-4 في 3، 2، 21، و3 سلالات على التوالي. كما تم اكتشاف سلالة واحدة (1.3%) إيجابية لـStx1، وخمس سلالات (6.6%) إيجابية لـStx2..، تشير هذه النتائج إلى أن الإبل في مصر قد تمثل مصدرًا مهمًا للإشريكية القولونية المقاومة لمضادات الميكروبات، والتي قد تنتقل إلى الإنسان إما بشكل مباشر أو عبر السلسلة الغذائية. بسبب التمييز في استخدام المضادات الحيوية والتشخيص المحدود، فإن مقاومة مضادات الميكروبات تعرض للخطر فعالية العامل المضاد للميكروبات الأساسي في علاج الأمراض المعدية. أجريت هذه الدراسة لتحديد دور الإشريكية القولونية في مقاومة مضادات الميكروبات في الإبل في مصر بين الإشريكية القولونية المعزولة من عينات تبادل البراز للإبل التي تبدو سليمة في مصر. تم جمع 121 عينة براز من الإبل من مسالخ مختلفة في مصر. تم إجراء عزل وتحديد هوية الإشريكية القولونية باستخدام الثقافة التقليدية والتعرف الكيميائي الحيوي. خضعت جميع العزلات المكتسبة من العينات المفحوصة للتنميط الجيني عبر تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) لجينات ترميز الكاربابينماز (bla OXA-48، bla KPC، bla-NDM وblaVIM)، جينات mcr من mcr-1 إلى mcr-5 وجينات ترميز سموم شيجا Stx1 و Stx2 كشف الفحص البكتريولوجي عن 75 عزلة من الإشريكية القولونية. من بين إجمالي 75 سلالة من الإيكولي، كان معدل الانتشار الإجمالي للكاربابينماز المنتج للإشريكية القولونية هو 27، مع 7 تحمل blaOXA-48، و14 تحمل blaNDM، و6 تحمل blaVIM. على وجه الخصوص، لم يتم العثور على سلالات blaKPC. تم الكشف عن جينات mcr-1 وmcr-2 وmcr-3 وmcr-4 بين سلالات 3n 2n 21 و3 على التوالي. وتم اكتشاف سلالة واحدة (1.3%) إيجابية بالنسبة لـ Stx1، وتم اكتشاف خمس سلالات (6.6%) إيجابية بالنسبة لـ Stx2. ونتيجة لذلك، قد تكون الإبل في مصر مصدرًا رئيسيًا لمقاومة مضادات الميكروبات (AMR) E.coli، والتي يمكن أن تنتقل مباشرة إلى الإنسان أو عبر السلسلة الغذائية

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.