Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 104-130.

Runting Stunting Syndrome (RSS) results in uneven growth and stunted chicks,
leading to substantial economic losses, particularly in broilers, due to reduced flock
uniformity. Avian reovirus and chicken infectious anemia virus are
immunosuppressive viruses that circulate in Egyptian poultry farms, and both may
contribute to RSS development. Immunosuppressed birds are more prone to
secondary infections and respond poorly to vaccination. The objective of this study
was to investigate and molecularly characterize both viruses in field cases showing
clinical signs and gross lesions suggestive of RSS. One hundred broiler farms were
investigated, with birds aged between 1 and 4 weeks, across 10 Egyptian
governorates, including Giza, Beheira, Fayoum, Menoufia, Minya, Sharqia,
Dakahlia, Qalyubiyya, Benisuef, and Assiut. Clinical signs observed in these broiler
chickens were depression, decreased weight gain, malfeathering, poor feed
conversion, and mortalities, along with gross lesions such as distended pale intestines
frequently filled with undigested feed, watery or mucoid contents, and gas
accumulation. The study investigated ARV in clinical samples collected from these
farms, using RT-PCR, real-time PCR, virus isolation in embryonated chicken eggs
(ECEs), followed by sequencing and phylogenetic analysis of positive isolates.
Additionally, different organs were obtained from positive ARV samples and
examined histopathologically. Of the samples examined, 6 tested positive for ARV
by molecular detection; however, successful isolation was achieved from only 2
experimentally infected chicken embryos. Sequencing and phylogenetic analysis
showed that both isolates belong to genotype VI, sharing 96.9–97.8% nucleotide
identity with Egyptian strains (EG-Qena-Q1-21 and EG-Beheira-B5-22,
respectively), and 36.7% with S1133 (vaccine strain). Histopathology revealed
inflammatory alterations in the digestive organs and lymphoid depletion
predominantly in the bursa of Fabricius. Concurrently, samples collected to detect
CIAV by PCR identified 4 positive samples. These positive samples were propagated
in one-day-old Specific Pathogen Free chicks via intramuscular inoculation. Chicks
were humanely sacrificed at 14- and 21-day post-inoculation for post-mortem
examination and sample collection. Tissue samples were obtained to confirm CIAV
isolation by PCR and to conduct histopathological examination. Blood samples were
collected with anticoagulants for hematological examination, while other blood
samples were obtained without anticoagulants to separate serum for antibody titer
measurement by ELISA. Sequencing followed by phylogenetic analysis was
conducted on two CIAV isolates obtained from SPF chicks, indicating that the two
isolates were genotype III, showing 98.4% identity with Del-Rose (vaccine strain),
and 99.8% to 100% with Egyptian field strains (CAV-EG-23, CAV-EG-22, and
CAV-EG-27), respectively. Histopathological findings in CIAV-infected chicks
indicated marked lymphoid depletion in lymphoid organs, mainly the thymus gland,
bursa of Fabricius, and spleen, whereas the bone marrow showed depletion of blood
cell precursors with fatty infiltration. Collectively, 4 strains of both viruses were
detected in different broiler flocks in Giza and Beheira governorates. In conclusion,
this work enhances our knowledge of circulating Egyptian strains of both ARV and
CIAV and contributes to their genetic profiling and their relationship to local isolates
and commonly used vaccines, highlighting the importance of continuous monitoring
and vaccine evaluation.

تؤدى متلازمة التقزم ونقص الوزن RSS الى نمو غير متجانس وتقزم الكتاكيت مما يؤدى إلى خسائر اقتصادية فادحة، وخاصة في دجاج التسمين، بسبب ضعف تجانس القطيع. يعد كلا من فيروس الريو وفيروس أنيميا الدجاج المعدي من الفيروسات المثبطة للمناعة المنتشرة في مزارع الدواجن المصرية، وقد يشارك كلاهما في حدوث متلازمة التقزم ونقص الوزن RSS. الطيور ضعيفة المناعة تكون أكثر قابلية للإصابة بالعدوى الثانوية كما أن استجابتها للتحصين تكون ضعيفة. لذلك كان هدف هذه الدراسة هو دراسة كلا الفيروسين وتوصيفهما جزيئياً في حالات حقلية تظهر أعراض إكلينيكية وآفات تشريحية مرضية تشير إلى الإصابة بمتلازمة التقزم ونقص الوزن RSS. أجرينا دراسة على 100 مزرعة دجاج تسمين تتراوح أعمارها بين أسبوع وأربعة أسابيع، في عشرة محافظات مصرية، هي: الجيزة، والبحيرة، والفيوم، والمنوفية، والمنيا، والشرقية، والدقهلية، والقليوبية، وبنى سويف، واسيوط. الأعراض الإكلينيكية التي لوحظت في دجاج التسمين شملت الخمول وانخفاض معدل النمو، سوء نمو الريش، ضعف كفاءة تحويل العلف، والنفوق، بالإضافة إلى الآفات التشريحية مثل الأمعاء شاحبة وممتلئة غالبا بعلف غير مهضوم، ومحتويات مائية أو مخاطية، وغازات. تضمنت هذه الدراسة فحص فيروس الريو في العينات الإكلينيكية التي تم تجميعها من هذه المزارع باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل العكسي RT-PCR، وتفاعل البوليميراز في الوقت الحقيقي real-time PCR، وعزل الفيروس في بيض الدجاج المخصب، متبوعاً بالتسلسل والتحليل التطوري للمعزولات الإيجابية. بالإضافة إلى ذلك تم تجميع أعضاء مختلفة من العينات الإيجابية لفيروس الريو ARV وتم فحصها هيستوباثولوجياً. أظهر الفحص الجزيئي أن ست عينات من بين العينات التي تم فحصها كانت إيجابية لفيروس الريوARV ومع ذلك لم يعزل بنجاح سوى عينتين فقط في بيض الدجاج المخصب وقد أظهر تسلسلهم وتحليلهم الوراثي التطوري sequencing and phylogenetic أن كلا المعزولتين تنتميان إلى النمط الجيني السادس genotype VI وتشتركان في هوية النوكليوتيدات بنسبة 96.9-97.8% مع السلالات المصرية EG-Qena-Q1-21 وEG-Beheira-B5-22 على التوالي و36.7% مع S1133 (سلالة التحصين). أظهر الفحص الهستوباثولوجي وجود التهابات في أعضاء الجهاز الهضمي، بالإضافة إلى نقص في الخلايا الليمفاوية، خاصة في جراب فابريشيوس Bursa of Fabricius. في الوقت نفسه، أظهرت العينات التي جُمعت للكشف عن فيروس أنيميا الدجاج المعدي CIAV باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل PCR. بعد ذلك تم إكثار هذه العينات الإيجابية في كتاكيت SPF عمر يوم عن طريق الحقن العضلي وتم ذبح الكتاكيت بطريقة إنسانية في اليومين 14 و21 بعد الحقن وذلك لإجراء الفحص التشريحي وجمع العينات. تم الحصول على عينات من الأنسجة لتأكيد عزل فيروس أنيميا الدجاج المعديCIAV وإجراء فحص الهستوباثولوجي. بالإضافة إلى ذلك، تم جمع عينات دم مع مضادات التخثر بغرض إجراء التحاليل الدموية بينما تم الحصول على عينات دم أخري بدون مضادات تخثر لفصل المصل وذلك لقياس مستويات الأجسام المضادة باستخدام اختبار الاليزا ELISA. تم إجراء التسلسل متبوعًا بالتحليل التطوري على معزولتين من فيروس أنيميا الدجاج المعدي CIAV تم الحصول عليهما بنجاح عن طريق عزل الفيروس في كتاكيت SPF وأشارت النتائج إلى أن المعزولتين تم تصنيفهما على أنهما من النمط الجيني الثالث genotype III حيث أظهرتا تطابقا بنسبة 98.4٪ مع Del-Rose (سلالة التحصين) و99.8٪ إلى 100٪ مع السلالات الحقلية المصرية (CAV-EG-23, CAV-EG-22, and CAV-EG-27) على التوالي. أظهرت الفحوصات الهيستوباثولوجيه في الكتاكيت المصابة بفيروس أنيميا الدجاج المعدي CIAV حدوث نقص واضح في الخلايا الليمفاوية بالأعضاء الليمفاوية، وخاصة الغدة الزعترية Thymus gland، جراب فابريشيوس Bursa of Fabricius والطحال، في حين أظهر نخاع العظم نقصاً في الخلايا المكونة للدم مع ارتشاح دهني. بشكل عام، تم الحصول على أربع عترات من كلا الفيروسين في قطعان دجاج التسمين مختلفة في محافظتي الجيزة والبحيرة. إجمالاً، يساهم هذا العمل في تعزيز معرفتنا ببعض العترات المنتشرة في مصر من فيروسيARV وCIAV ويساهم في توصيفها الجيني وعلاقتها بالمعزولات المحلية واللقاحات الشائعة الاستخدام مما يؤكد على أهمية المتابعة المستمرة وتقييم اللقاحات الموجودة.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.