Ahmed Mahmoud Muhammad Abdulhamid Mayla, <br/><br/>
Immunological Profile and Viral Co-Infections in Cancer Patients Infected with Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) / 
 الـحـالــة المـنـاعـيـة والـعـدوى الـفـيـروسـيـة المُـشـتَرَكــة فـي مـرضـى الـسـرطـــان المـصابين بـفـيـروس كــورونــا 2 المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الشديدة (سـارس-كوف-2) 
by Ahmed Mahmoud Muhammad Abdulhamid Mayla ; Supervisors Prof. Dr. Waleed Seif El-Din Mohamed Mostafa, Prof. Dr. Zeinab Fathy Abdallah El Kalinne, Prof. Dr. Abdel-Rahman Nabawi Zekri. 
 - 189 pages :   illustrations ;  25 cm. +   CD. 
<br/><br/>Thesis (Ph.D)-Cairo University, 2024. 
<br/><br/>Bibliography: pages 177-189.  
<br/><br/>  Background and objective Coinfections and reactivation of persistent or <br/>latent viral infections such as different types of herpesviruses (HHV) and/or mea-<br/>sles virus (MeV) have been reported among COVID-19 patients. However, little <br/>is known about cancer patients who experienced SARS-CoV-2 infection. The pri-<br/>mary purpose of this study was to perform an overarching investigation on the <br/>cancer/COVID-19 cases accompanied with latent HHV and/or persistent MeV co-<br/>infections, contributing to improving cancer and/or COVID-19 patients health. <br/>Methods: An observational, prospective cross-sectional/case-control <br/>study was conducted on 4 groups (n = 147): newly diagnosed cancer patients in-<br/>fected with SARS-CoV-2 (n = 37), newly diagnosed cancer patients non-infected <br/>with SARS-CoV-2 (n = 13), apparently normal individuals infected with SARS-<br/>CoV-2 (n = 82) and finally a normal group non-infected with the virus is included <br/>(n = 15) according to the Institutional Review Board (IRB) of the NCI, Cairo <br/>University. Antibody responses were analyzed using indirect ELISA, and anti-<br/>body levels were compared between patients and controls. Potential re-activation, <br/>re-infection and/or co-infection were investigated using 4-fold (i.e. 400%) rise <br/>model criterion. <br/>Results: All samples were tested for SARS-CoV-2 viral infection using <br/>RT-PCR. Post COVID-19, herpes simplex viruses 1 and 2 (HSV1/2 or HHV1-2) <br/>recent infection, identified via pooled HSV1/2 IgM levels in plasma, increased <br/>significantly around three times more in COVID-19 patients (p = 0.007). Further-<br/>more, applying a 4-fold criterion to investigate latent HHV reactivation or re-in-<br/>fection: for HSV1/2 26.0% of cancer patients (n = 50) versus 0.0% of controls <br/>(n= 22) achieved a ≥ 4-fold rise in pooled HSV1/2 IgG antibody levels. Similarly, <br/>for Epstein-Barr virus (EBV or HHV-4) a ≥ 4-fold increase in 20.0% of cancer <br/>patients (n = 50) versus 4.9% of controls (n= 41) was detected through EBNA-1 <br/>IgG antibody levels (p = 0.034). Obviously, the measles virus IgG levels increased <br/>up to 78.0% in cancer patients (n = 50) versus 17.5% in non-cancerous group (n <br/>= 40, p <0.001). Reactivation of MeV in cancer and COVID-19 patients was <br/>43.2% versus 30.8% cancer non-COVID-19 group, 3.3% normal COVID-19, and <br/>0.0% in healthy volunteers (p <0.001). <br/>This study investigates the virological and immunological profiles of can-<br/>cer patients infected with SARS-CoV-2, comparing them to non-cancerous indi-<br/>viduals. Using real-time RT-PCR and ELISA techniques, significant differences <br/>were observed in SARS-CoV-2 IgG levels, with 68.0% positivity in cancer pa-<br/>tients compared to 90.2% in non-cancerous individuals (p = 0.012). The study <br/>also highlights the prevalence of other viral infections, such as HSV and EBV, in <br/>cancer patients, suggesting potential links to cancer progression. Elevated cyto-<br/>kine levels, including IL-6 (median 5.20 to 7.61, p = 0.026), IL-8 (median 1.99 to <br/>52.78, p < 0.001), and TNF-α (median 2.72 to 3.50, p = 0.015), and chemokine <br/>levels, such as IP-10, MIP-1α, and MIP-1β, were consistent with previous <br/>COVID-19 research, indicating a hyperinflammatory state. Variations in IFN-α <br/>(median 0.22 to 4.81, p < 0.001), IL-3 (median 11.78 to 23.12, p = 0.001), MCP-<br/>1, and Fractalkine (median 2.59 to 17.14, p < 0.001) levels underscore the com-<br/>plexity of the immune response. Elevated growth factors like FGF2, HGF, SCF, <br/>and VEGFA in cancer patients with COVID-19 suggest an enhanced biological <br/>response to the combined stress of malignancy and viral infection.  <br/>Conclusion: Cancer patients infected with SARS-CoV-2 were at in-<br/>creased risk of HHV and MeV co-infection or reactivation. Elevated cytokine and <br/>chemokine levels indicate a hyperinflammatory state in COVID-19, consistent <br/>with previous research. However, variations in certain cytokines and chemokines <br/>highlight the complexity of the immune response. These findings emphasize the <br/>need for comprehensive biomarker panels to understand the immune profile in <br/>COVID-19 and cancer patients and underscore the importance of continued re-<br/>search to fully understand their implications for treatment and prognosis.   				<br/>الخلفية العلمية و الهدف من الرساله:<br/>تم الإبلاغ عن العدوى المشتركة وإعادة تنشيط العدوى الفيروسية المستمرة أو الكامنة مثل أنواع مختلفة من فيروسات الهربس (HHV) و / أو فيروس الحصبة (MeV) بين مرضى COVID-19. ومع ذلك ، لا يعرف سوى القليل عن مرضى السرطان الذين عانوا من عدوى SARS-CoV-2. كان الغرض الأساسي من هذه الدراسة هو إجراء تحقيق شامل في حالات السرطان / COVID-19 المصحوبة بعدوى HHV الكامنة و / أو العدوى المشتركة المستمرة MeV ، مما يساهم في تحسين صحة مرضى السرطان و / أو COVID-19<br/>طرق البحث :<br/>أجريت دراسة مقطعية على 4 مجموعات (ن = 147): مرضى السرطان الذين تم تشخيصهم حديثا بالمصابين بفيروس SARS-CoV-2 (ن = 37) ، مرضى السرطان الذين تم تشخيصهم حديثا غير المصابين بفيروس SARS-CoV-2 (ن = 13) ، الأفراد العاديون على ما يبدو المصابون بفيروس SARS-CoV-2 (ن = 82) وأخيرا يتم تضمين مجموعة طبيعية غير مصابة بالفيروس (ن = 15) وفقا لمجلس المراجعة المؤسسية (IRB) التابع للمعهد الوطني للسرطان ،  جامعة القاهرة. تم تحليل استجابات الأجسام المضادة باستخدام ELISA غير المباشر ، وتمت مقارنة مستويات الأجسام المضادة بين المرضى والضوابط. تم التحقيق في إمكانية إعادة التنشيط وإعادة العدوى و / أو العدوى المشتركة باستخدام معيار نموذج الارتفاع 4 أضعاف (أي 400٪).<br/><br/>النتائج:<br/>•	تم اختبار جميع العينات بحثا عن العدوى الفيروسية ل SARS-CoV-2 باستخدام RT-PCR. بعد COVID-19 ، زادت العدوى الأخيرة لفيروسات الهربس البسيط 1 و 2 (HSV1 / 2 أو HHV1-2) ، التي تم تحديدها عن طريق مستويات HSV1 / 2 IgM المجمعة في البلازما ، بشكل ملحوظ حوالي ثلاثة أضعاف في مرضى COVID-19 (p = 0.007). <br/>•	علاوة على ذلك ، فإن تطبيق معيار 4 أضعاف للتحقيق في إعادة تنشيط HHV الكامن أو إعادة العدوى: بالنسبة ل HSV1 / 2 ، حقق 26.0٪ من مرضى السرطان (ن = 50) مقابل 0.0٪ من المتوترين (ن = 22) ارتفاعا ≥بمقدار 4 أضعاففيمستوياتالأجسامالمضادةالمجمعة HSV1 / 2 IgG. وبالمثل ، بالنسبة لفيروس إبشتاين بار (EBV أو HHV-4) ، تم اكتشاف زيادة قدرها 4 أضعاف ≥في 20.0٪ من مرضى السرطان (ن = 50) مقابل 4.9٪ من الضوابط (ن = 41) من خلال مستويات الأجسام المضادة EBNA-1 IgG (p = 0.034). <br/>•	من الواضح أن مستوياتIgG sفيروس الحصبة زاد بنسبة تصل إلى 78.0٪ في مرضى السرطان (ن = 50) مقابل 17.5٪ في المجموعة غير السرطانية (ن = 40 ، ص <0.001).<br/>•	كانت إعادة تنشيط MeV في مرضى السرطان و COVID-19 43.2٪ مقابل 30.8٪ من مجموعة السرطان غير COVID-19 ، و 3.3٪ من COVID-19 الطبيعي ، و 0.0٪ في المتطوعين الأصحاء (p <0.001).<br/>•	تبحث هذه الدراسة في الملامح الفيروسية والمناعية لمرضى السرطان المصابين بفيروس SARS-CoV-2 ، ومقارنتهم بالأفراد غير السرطانيين. باستخدام تقنيات RT-PCR و ELISA في الوقت الفعلي ، لوحظت اختلافات كبيرة في مستويات SARS-CoV-2 IgG ، مع 68.0٪ إيجابية في مرضىالسرطانمقارنة ب 90.2٪ في الأفراد الطبيعيين (p = 0.012). <br/>•	تسلط الدراسة الضوء أيضا على انتشار العدوى الفيروسية الأخرى ، مثل HSV و EBV ، في مرضى السرطان ، مما يشير إلى وجود روابط محتملة لتطور السرطان. كانت مستويات السيتوكين المفعمة بالحيوية ، بما في ذلك IL-6 (المتوسط 5.20 إلى 7.61 ، p = 0.026) ، IL-8 (الوسيط 1.99 إلى 52.78 ، p < 0.001) ، و TNF-α (المتوسط 2.72 إلى 3.50 ، p = 0.015) ، ومستويات chemokine ، مثل IP-10 و MIP-1α و MIP-1β ، متوافقة مع أبحاث COVID-19 السابقة ، مما يشير إلى حالة فرط الالتهاب<br/>•	الاختلافات في مستويات IFN-α (المتوسط 0.22 إلى 4.81 ، p < 0.001) ، IL-3 (الوسيط 11.78 إلى 23.12 ، p = 0.001) ، MCP-1 ، و Fractalkine (الوسيط 2.59 إلى 17.14 ، p < 0.001) تؤكد على تعقيد الاستجابة المناعية. تشير عوامل النمو المرتفعة مثل FGF2 و HGF و SCF و VEGFA في مرضى السرطان المصابين ب COVID-19 إلى استجابة بيولوجية معززة للإجهاد المشترك للأورام الخبيثة والعدوى الفيروسية 
<br/><br/>
<br/><br/><br/>Text in English and abstract in Arabic & English. 
<br/><br/><label>Subjects--Topical Terms: </label><br/>SARS-CoV-2<br/>فيروس كورونا المستجد
<br/><br/><label>Subjects--Index Terms: </label>Cancer  COVID-19  SARS-CoV-2  Human Herpesvirues (HHVs)  Viral reactivation  Cytokine storm 
<br/><br/><label>Dewey Class. No.: </label>616.2414