Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 55-59.

The main objective of this thesis is to investigate the genetic diversity, molecular
characteristics, and evolutionary relationships of infectious bursal disease virus (IBDV) strains
circulating in Egypt, with a particular focus on very virulent and novel reassortant strains. By
employing next-generation sequencing and phylogenetic analysis of field isolates collected during
suspected outbreaks between 2021 and 2022, the study identified five isolates (VV4, VV5, VV6,
VV10, VV16) belonging to the very virulent A3 group and one isolate (VV2) aligning with the
Chinese Variant A2d group, confirming the co-circulation of both very virulent and variant IBDV
strains in Egypt. Amino acid analysis of the VP2 hypervariable region (HVR) revealed virulence-
associated motifs and mutations, while histopathology demonstrated severe lymphoid depletion
and bursal damage in infected chickens, underscoring the challenges in disease control. The
research further explores the molecular architecture, epidemiology, and pathogenesis of IBDV,
emphasizing the genetic diversity and evolutionary dynamics driven by mutations and
reassortment events that enable immune evasion. Key findings highlight the role of VP2 in
antigenicity and virulence, as well as the limitations of traditional vaccination strategies in the face
of emerging strains. The study evaluates current control measures, including live attenuated,
inactivated, and genetically engineered vaccines, while stressing the importance of vaccination
timing in the presence of maternally derived antibodies and the critical role of biosecurity in
outbreak management. By integrating molecular and epidemiological insights, this work aims to
inform the development of sustainable solutions to mitigate IBDV's impact on poultry health,
enhance vaccination strategies, and ensure the resilience of Egypt's poultry industry and beyond.

تهدف الرسالة إلى دراسة التنوع الجيني، والخصائص الجزيئية، والعالقات التطورية لسالالت فيروس مرض الجراب المعدي )فيروس الجمبورو( المنتشرة في مصر، مع التركيز بشكل خاص على السالالت شديدة الضراوة والسالالت الجديدة الناتجة عن التحور. تم جمع العينات ميدانيا أثناء االشتباه في تفشي المرض وتم إجراء تحليل تسلسل الجيل التالي والتحليل التطوري حددت الدراسة خمس عزالت4VV، 5VV، 6VV، 10VV، 16VV تنتمي إلى المجموعة شديدة الضراوة 3A بين عامي 2021 و2022 وعزلة واحدة (2VV (تنتمي إلى المجموعة الصينية المتغيرةd2A ، مما يؤكد تداول كل من السالالت شديدة الضراوة والمتغيرة من فيروس الجمبورو في مصر. كشف تحليل األحماض األمينية لمنطقة 2VP شديدة التغير (HVR (عن وجود أنماط ا شديدًا في األنسجة اللمفاوية وتلفًا في جراب وطفرات مرتبطة بالضراوة، بينما أظهر الفحص النسيجي المرضي استنزافً فابريشيوس في الدجاج المصاب، مما يسلط الضوء على التحديات في مكافحة المرض. تهدف الدراسة أي ًضا دراسة البنية الجزيئية، وآلية إمراض فيروس جمبورو، مع التركيز على التنوع الجيني والديناميكيات التطورية الناتجة عن الطفرات وأحداث إعادة التصنيف التي تمكن الفيروس من التهرب من الجهاز المناعي. تسلط النتائج الرئيسية الضوء على دور بروتين 2VP في المستضدية والضراوة، وكذلك قيود استراتيجيات التطعيم التقليدية في مواجهة السالالت الناشئة. تقيم الدراسة إجراءات المكافحة الحالية، بما في ذلك اللقاحات الحية ، والميته، والمعدلة وراثيًا، مع التأكيد على أهمية توقيت التطعيم في وجود األجسام المضادة المشتقة من األم والدور الحاسم لإلجراءات األمنية الحيوية في إدارة التفشيات. من خالل دمج الرؤى الجزيئية واألوبئة، تهدف هذه الدراسة إلى تقديم حلول مستدامة للتخفيف من تأثير فيروس جمبورو على صحة الدواجن، وتعزيز استراتيجيات التطعيم، وضمان مرونة صناعة الدواجن محليا ودوليا .

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.