Thesis (Ph.D.) - Cairo University - Faculty of veterinary medicine - Department of Zoonoses

Wild birds are essential for public health because they can carry a variety of pathogens such as E. coli and Salmonella species that are transmissible to people. As a result, the current study was carried out to determine the probable role of migrating ducks and quails in the spread of these infections in Damietta Governorate and neighboring cities. A total number of 349 (209 ducks and 140 quails) and 496 (197 ducks and 299 quails) migratory bird cloacal swabs were collected for the detection of Shiga toxin {u2013}producing Escherichia coli (STEC) and Salmonella spp. respectively. For isolation and identification of these pathogens, the samples were cultivated on STEC CHROMagar and X.L.D medium, and then routine bacteriological assays such as Gram's stain and conventional biochemical testing were performed. Molecular approach used to detect the stx1, stx2, and eae genes in STEC isolates, as well as the stn, invA, and spvC genes in Salmonella isolates. Antimicrobial sensitivity testing of the identified STEC serotypes revealed that O125 was resistant to ampicillin, ceftriaxone, meropenem, azithromycin, and chloramphenicol, whereas O86 was resistant to ampicillin, ceftazidime, ceftriaxone, cefepime, meropenem, and chloramphenicol. Both STEC and Salmonella positive isolates were sequenced. Two STEC isolates were found in the studied birds, with an overall occurrence of 0.57 percent (2/349), one from migrating quail with the stx2 gene serotyped as O125 and the other from common teal duck (Anas cercca) with the stx1 gene serotyped as O86. While three Salmonella isolates with a prevalence of 0.6 percent were found, these strains were obtained only from Northern Pintail ducks (Anas acuta). The results of phylogenetic tree analysis revealed that STEC gene sequences and spvC gene sequences have a high genetic relatedness with human isolates from various countries, indicating that each species crossed paths during migration. In conclusion, this study sheds insight on the potential role of migrating birds in the transmission of numerous exotic bacterial strains throughout their movement

تمثل الطيور البرية خطورة على صحة الانسان حيث أنها قد تحمل العديد من الميكروبات الممرضة مثل بكتريا الاشيرشيا كولاى والسالمونيلا والتى بدورها يمكن ان تنتقل للانسان. ولذا فقد هدفت الدراسة الحالية لتحديد دورالطيور المهاجرة مثل البط والسمان المهاجر في تحديد نشر العدوى بتلك المسببات المرضية في محافظة دمياط وبعض المدن المجاورة. فتم تجميع 349 مسحة من فتحة المجمع من البط المهاجر (209) و السمان المهاجر (140) في الموسم الأول, وقد تم اجراء الفحص البكتريولوجى على تلك العينات وتم استخدام الاجار اللونية STEC chrOMagar لعزل ميكروبات الاشيرشيا كولاى المنتجة للسموم شيجا (STEC). بينما تم تجميع 496 عينة مسحة من فتحة المجمع من البط المهاجر (197) و السمان المهاجر (199) فى الموسم الثانى, و تم اجراء الفحص البكتريولوجى وعزل ميكروب السالمونيلا باستخدام البيئة المناسبة X.L.D.كما تم استخدام الطرق البكتريولوجية التقليدية مثل صبغ العينات باستخدام صبغة جرام واستخدام اختبارات الكيمياء الحيوية. وقد تم اجراء الفحص الجزيئي على المعزولات باستخدام تفاعل البوليميرات المتسلسل (PCR) وذلك للكشف عن تواجد جينات stx1 and stx2 الخاصة بميكروبات الاشيرشيا كولاى المنتجة للسموم شيجا (STEC) و كذلك جينات stn, invA, and spvC الخاصةبميكروبات السالمونيلا. كما تم اجراء التصنيف المصلى لعينات الاشيرشيا كولاي الموجبة وتم الكشف عن مقاومة هذا الميكروب للمضادات الحيوية وقد تبين أن المعزولة التى تم تصنيفها O86 كانت مقاومة لكلا من المضادات الحيوية الآتية الامبيسيلين و سيفتازيديم وسيفترياكسون وكلورامفينيكول وميروبينم وسيفيبيم. بينما العزلة O125 أظهرت مقاومة ضد كلا من الامبيسيلين وسيفترياكسون والميروبينم وأزيثرومايسين وكلورامفينيكول.
وتم اجراء التسلسل الجزيئي للعينات الموجبة لميكروب الاشيرشيا كولاى والسالمونيلا وقد أسفرت نتائح الفحص البكتيرولوجى لعينات الموسم الاول عن تواجد عزلتين إيجابيتين لميكروب الاشيرشيا كولاى بنسبة بلغت 0.57 %, فكانت احدى المعزولات من عينات السمان المهاجر التى تم فحصها وقد تم تصنيفها O125 وكانت تحمل stx2جين.وكانت المعزولة الاخرى تنتمى للبط المهاجر وصنفت على أنهاO86 و كانت تحمل جين stx1. على الجانب الاخرفقد أسفرت نتائج فحص الموسم الثانى لعينات الطيور المهاجرة عن تواجد ثلاثة معزولات من ميكروب السالمونيلا بنسبة بلغت 0.6% وتم عزلهم جميعا من طائر البلبول.وقد أثبتت نتيجة تحليل شجرة النشوء والتطور أن كلا من جينات الاشيرشيا كولاى المنتجة للسموم شيجا (STEC) وجين spvCالذى تم الكشف عنه فى ميكروبات السالمونيلا قد تشابهت بنسبة كبيرة مع معزولات ادمية فى بنك الجينات وتنتمى لدول مختلفة, لذا فقد سلطت هذه الدراسة الضوءعلى دور الطيور المهاجرة المحتمل في نقل بعض المسببات البكتيرية الممرضة المستحدثة خلال رحلة الهجرة.
الكلمات المفتاحية : الطيور المهاجرة- السمان المهاجر-البلبول.

Issued also as CD

Text in English and abstract in Arabic & English.