Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 119-135.

Background: Lung cancer (LC) is the leading cause of cancer-related mortality worldwide, with
non-small cell lung cancer (NSCLC) accounting for approximately 75–80% of cases. Genetic
alterations, particularly somatic mutations in the Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) and
proto-oncogene B-Raf (BRAF) genes, play a critical role in NSCLC tumorigenesis and treatment
responsiveness. Oncogenic viruses, such as Human Papillomavirus (HPV) and Epstein-Barr Virus
(EBV), have also been implicated in various cancers. This study aimed to investigate the
prevalence of EGFR and BRAF mutations in NSCLC Egyptian patients and explore their
association with these oncogenic viruses and its impact on survival rates.
Subjects and Methods: The study included 93 formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE)
NSCLC samples and 10 FFPE tissue as a control samples. EGFR mutations were detected using
the AmoyDx® EGFR 29 Mutations Detection Kit, covering mutations in exons 18, 19, 20, and 21.
Also, BRAF mutations in exon 15 were detected using PCR High Resolution Melting curve assay
(HRM). HPV DNA and its genotypes (16,18,33, and 58) were identified via Qualitative PCR,
while EBV DNA was detected using the Artus EBV TM PCR Kit, targeting the EBNA1 gene.
Results: EGFR mutations were found in 19 of 93 (20.4%) NSCLC patients, predominantly in exon
19 (47.4%), followed by exons 20 (31.6%), 21 (21%), and 18 (10.5%). The most frequently
detected EGFR mutations were: (19 del: 47.4%, T790M: 26.3%, L858R: 21%, G719S: 10.5%,
Insertions: 5.3%) in mutated EGFR patients. BRAF mutations in exon 15 were identified in 11.8%
of the 93 patients studied. Notably, no combined mutations were observed between EGFR and
BRAF.HPV DNA was detected in 31.1% of NSCLC patients, with 26.3% of EGFR-mutated
patients also harboring HPV DNA. Conversely, HPV was absent in all patients with mutated
BRAF. HPV type 16 was the most prevalent, found in 17.2% (5/29) of cases, HPV 18 was found
in 3.4% (1/29) of the positive cases. Neither low-risk HPV types (6/11) nor high-risk types (33 and
58) were detected in any of the samples. EBV DNA was identified in 2.1% of NSCLC patients,
with no presence in those with EGFR or BRAF mutations. No somatic mutations (EGFR, and
BRAF) or oncogenic viruses were found in the control group. No significant association was
observed between the presence of HPV and EGFR mutations (P=0.608); while BRAF mutations
were not detected in positive HPV patients (P=0.017). Regarding the survival, the 5- years overall
survival (OS) was 4.0 %, and the median OS for all patients was 11 months. Furthermore, the
median OS for patients with negative HPV was significantly greater than that for patients with
HPV positive (P=0.003) and Patients without EGFR mutations and HPV infections (HPV- /mutant-
) demonstrated the longest survival time of 14.3 months (P=0.018).
Conclusion: This study highlights the frequency of EGFR and BRAF mutations, the prevalence
of oncogenic viruses, and their association with HPV in NSCLC Egyptian patients, suggesting a
potential interplay in tumorigenesis and OS in these patients. However, larger-scale prospective
studies are needed to confirm these findings and elucidate the prognostic and therapeutic
implications, paving the way for more personalized treatment strategies in NSCLC.

مقدمة: يعتبر سرطان الرئة هو من أكثر أنواع السرطان المسببة للموت شيوعا في جميع أنحاء العالم حيث يمثل سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة (NSCLC)ما يقرب من 75-80٪ من الحالات.
تضمنت الدراسة 93 عينةمن مرضى سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة مثبتة بالفورمالين ومدمجة في البارافين وأيضا عشرةعينات من الأنسجة السليمة كعينات للمقارنة. النتائج: تم العثور على طفرات مستقبل عامل نمو البشرة EGFRفي 19 مريضا من 93 وذلك بنسبة (20.4%) ،تم تحديدهم في هذه الا كزونات اكزون 19(%42.8) ويليه اكزون 20(28.5%) واكزون 21 (19%) وأخيرا اكزون18(%9.5).وتم تحديد طفرات الجين الورمي البروتيني B-Raf في اكزون 15 في 11.8٪ من 93 مريضا تمت دراستهم. والجدير بالذكر أنه لم يلاحظ أي طفرات مشتركة بين EGFR وBRAF.
تم اكتشاف الحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري في 31.1٪ من المرضى، مع 26.3٪ من المرضى الذينلديهم طفرات مستقبل عامل نمو البشرة EGFR أيضا لديهم الحمض النووي لفيروس الورم الحليمي البشري. تم تحديد الحمض النووي الخاص بفيروس إبشتاين‌ بار EBVفي 2.1٪ من المرضى. ولم يتم العثور على أى طفرات جسدية أوالفيروسات المكونة للاورام في المجموعة السليمة.كان متوسط معدل البقاء على قيد الحياة لجميع المرضى 11 شهرا. علاوة على ذلك، كان متوسط معدل البقاء على قيد الحياة للمرضى الذين ليس لديهم فيروس الورم الحليمي البشري أكبر بكثير من المرضى الذين لديهم فيروس الورم الحليمي البشري الإيجابي (P=0.003) والمرضى الذين لا يعانون من طفراتمستقبل عامل نمو البشرة EGFR وعدوى فيروس الورم الحليمي البشري أظهروا أطول فترة بقاء على قيد الحياة تبلغ 14.3 شهرا. (P = 0.018)
وقد سلطت هذه الدراسة الضوء على تواتر طفرات EGFR و BRAF، وانتشار الفيروسات المسرطنة، وارتباط هذه الطفرات بفيروس الورم الحليمي البشري لدى مرضى سرطان الرئةذو الخلايا غير الصغيرة، مما يشير إلى تفاعل محتمل في تكوين الأورام ومتوسط بقاء المرضى على الحياة.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.