000			08827namaa22004571i 4500
003			EG-GICUC
005			20260216102449.0
008			260208s2025 ua a|||frm||| 000 0 eng d
040			_aEG-GICUC _beng _cEG-GICUC _dEG-GICUC _erda
041	0		_aeng _beng _bara
049			_aDeposit
082	0	4	_a579.25
092			_a579.25 _221
097			_aPh.D
099			_aCai01.12.21.Ph.D.2025.Ay.R
100	0		_aAya Ahmed Saeed Mohamed Soliman, _epreparation.
245	1	4	_aThe role of RNA in diagnosis of severe acute syndrome coronavirus 2 / _cby Aya Ahmed Saeed Mohamed Soliman ; Supervisors Prof. Dr. Abeer Mahmoud Badr, Prof. Dr. Emad Mahmoud Ibrahim El-Zayat, Prof.Dr. Abdelrahman Nabwi Zekri, Prof. Dr. Ola Sayed Ahmed.
246	1	5	_aدور الحمض النووي الريبوزي فيتشخيص متلازمة الإلتهاب التنفسي الحاد الشديد فيروس كورونا 2
264		0	_c2025.
300			_a96 pages : _billustrations ; _c25 cm. + _eCD.
336			_atext _2rda content
337			_aUnmediated _2rdamedia
338			_avolume _2rdacarrier
502			_aThesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.
504			_aBibliography: pages 75-92.
520		3	_aBackground: Rapid pulmonary replication of SARS-CoV-2 can potentially trigger a strong immune response. Viral infections activate both the innate and adaptive immune systems, with cellular immune response particularly the role of T lymphocytes being crucial for actual antiviral defense beside COVID-19. Among the variants of SARS-CoV-2, the D614G mutation in the spike protein has become the furthermost widespread strain globally during the pandemic. This mutation is linked with increased infectivity and transmissibility and has been identified as the most frequent mutation reported in Egypt. Vector detection has been the subject of the development of numerous diagnostic assays, including point-of-care medical diagnostic systems and real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). For rapid, naked-eye molecular diagnosis of COVID-19, we present a step-by-step protocol for an RNA-extraction-free, nano-amplified colorimetric assay. Plasmonic gold nanoparticles encapsulated with antisense oligonucleotides (ASOs) serve as the colorimetric reporter in our nano-amplified, RNA-extraction-free colorimetric assay. Results: The rate of CD3+CD8+ T-cells was significantly increased (P < 0.001) in ICU-admitted patients compared to both healthy people and patients with mild symptoms, while frequency of CD3+CD4+ T-cells was significantly decreased (P < 0.001) in ICU patients relative to the other groups. The CD4+/CD8+ ratio demonstrated 100% sensitivity and specificity for predicting disease severity. T-cell immune responses subsequent infection with the D614G-mutated SARS-CoV-2 strain, showing an increase in CD8+ T-cell frequency from day 6 to day 17 post-infection. Additionally, specific HLA-A alleles, including HLA-A24:02 and HLA-A02:01, were associated with the evaluation of specific peptides .By using RNA-extraction-free nanoamplified colorimetric test with clinical samples, the sensitivity and specificity were found to be >96.6% and 100%, respectively. Conclusion: The CD4+/CD8+ ratio may serve as a valuable prognostic marker for disease severity in COVID-19 patients. Monitoring CD8+ T-cell levels could help identify patients with mild symptoms who are at threat of requiring ICU admission. Furthermore, the SARS-CoV-2 D614G mutation is associated with an increased frequency of CD3+CD8+ T cells in Egyptian patients.The RNA- extraction-free nanoamplified colorimetric test can be customized for assessing different viral infections simply through minor modifications to the ASOs and primer sequences.
520		3	_aالخلفية: يمكن أن يؤدي التكاثر السريع لفيروس SARS-CoV-2 في الرئة إلى تحفيز استجابة مناعية قوية. تقوم العدوى الفيروسية بتنشيط كل من الجهاز المناعي الفطري والتكيفي، حيث تلعب الاستجابة المناعية الخلوية، وخاصة دور الخلايا اللمفاوية التائية، دورًا حاسمًا في الدفاع الفعلي ضد الفيروسات، بما في ذلك COVID-19. من بين المتحورات المختلفة لفيروس SARS-CoV-2، أصبحت طفرة D614G في بروتين السنبلة السلالة الأكثر انتشارًا عالميًا خلال الجائحة. ترتبط هذه الطفرة بزيادة العدوى وقابلية الانتقال، وقد تم تحديدها على أنها الطفرة الأكثر شيوعًا في مصر. كان الكشف عن المتجهات موضوعًا لتطوير العديد من الفحوصات التشخيصية، بما في ذلك أنظمة التشخيص الطبي عند نقطة الرعاية وتفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي (RT-PCR). من أجل التشخيص الجزيئي السريع لفيروس COVID-19 بالعين المجردة، نقدم بروتوكولًا خطوة بخطوة لفحص لوني نانوي مضخم خالٍ من استخلاص الحمض النووي الريبي (RNA). يتم تغليف جسيمات الذهب النانوية البلازمونية مع قليل النيوكليوتيدات المضادة للحس (ASOs) لتعمل كمراسل لوني في اختبارنا اللوني النانوي المضخم والخالي من استخلاص الحمض النووي الريبي. النتائج: ارتفع معدل الخلايا التائية CD3+CD8+ بشكل ملحوظ (P < 0.001) لدى المرضى في وحدة العناية المركزة مقارنة بكل من الأشخاص الأصحاء والمرضى الذين يعانون من أعراض خفيفة، بينما انخفض معدل الخلايا التائية CD3+CD4+ بشكل ملحوظ (P < 0.001) لدى مرضى العناية المركزة مقارنة بالمجموعات الأخرى. أظهر معدل CD4+/CD8+ حساسية ونوعية بنسبة 100٪ في التنبؤ بشدة المرض. كما أظهرت الاستجابات المناعية للخلايا التائية بعد الإصابة بسلالة SARS-CoV-2 ذات الطفرة D614G زيادة في تكرار الخلايا التائية CD8+ من اليوم السادس إلى اليوم السابع عشر بعد الإصابة. بالإضافة إلى ذلك، ارتبطت أليلات HLA-A محددة، بما في ذلك HLA-A24:02 و HLA-A02:01، بتقييم ببتيدات معينة. عند استخدام الاختبار اللوني النانوي المضخم الخالي من استخلاص الحمض النووي الريبي مع العينات السريرية، وُجدت الحساسية والنوعية بنسبة >96.6٪و100٪ على التوالي. الاستنتاج: قد يكون معدل CD4+/CD8+ بمثابة علامة تنبؤية قيّمة لشدة المرض لدى مرضى COVID-19. يمكن أن يساعد رصد مستويات الخلايا التائية CD8+ في تحديد المرضى ذوي الأعراض الخفيفة المعرضين لخطر الحاجة إلى دخول العناية المركزة. علاوة على ذلك، ترتبط طفرة SARS-CoV-2 D614G بزيادة معدل الخلايا التائية CD3+CD8+ لدى المرضى المصريين. يمكن تخصيص الاختبار اللوني النانوي المضخم الخالي من استخلاص الحمض النووي الريبي لتقييم مختلف الإصابات الفيروسية من خلال تعديلات طفيفة على تسلسلات قليل النيوكليوتيدات المضادة للحس (ASOs) والبادئات.
530			_aIssues also as CD.
546			_aText in English and abstract in Arabic & English.
650		0	_aCoronavirus
650		0	_aفيروس كورونا
653		1	_aCOVID-19 _aCD4+/CD8+ T-cells _a D614G mutated SARS-CoV-2 _aImmuno-simulation _aT cell propensity _aPlasmonic gold nanoparticles _aRNA-extraction _afree nano _aamplified colorimetric test _aCD4+/CD8+الخلايا التائية _aكوفيد-19
700	0		_aAbeer Mahmoud Badr _ethesis advisor.
700	0		_aEmad Mahmoud Ibrahim El-Zayat _ethesis advisor.
700	0		_aAbdelrahman Nabwi Zekri _ethesis advisor.
700	0		_aOla Sayed Ahmed _ethesis advisor.
900			_b01-01-2025 _cAbeer Mahmoud Badr _cEmad Mahmoud Ibrahim El-Zayat _cAbdelrahman Nabwi Zekri _cOla Sayed Ahmed _UCairo University _FFaculty of Science _DDepartment of Zoology
905			_aShimaa _eEman Ghareb
942			_2ddc _cTH _e21 _n0
999			_c178267