000			06356namaa22004331i 4500
003			EG-GICUC
005			20260312112220.0
008			260307s2024 ua a|||frm||| 000 0 eng d
040			_aEG-GICUC _beng _cEG-GICUC _dEG-GICUC _erda
041	0		_aeng _beng _bara
049			_aDeposit
082	0	4	_a571.4
092			_a571.4 _221
097			_aM.Sc
099			_aCai01.12.04.M.Sc.2024.Ha.C
100	0		_aHazem Reda Mohamed Awad Saied, _epreparation.
245	1	0	_aComputational study on high risk human papilloma virus HPV / _cby Hazem Reda Mohamed Awad Saied ; Supervisors Prof. Dr. Maha Anwar Ali, Prof. Dr. Abdo A. Elfiky.
246	1	5	_aدراسة حسابية على فيروس الورم الحليمي عالي الخطورة
264		0	_c2025.
300			_a98 pages : _billustrations ; _c25 cm. + _eCD.
336			_atext _2rda content
337			_aUnmediated _2rdamedia
338			_avolume _2rdacarrier
502			_aThesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.
504			_aBibliography: pages 89-98.
520		3	_aBackground: Human papillomavirus (HPV) is a well-established etiologic agent for various cancers, particularly cervical cancer. Its oncoprotein, E6, disrupts cellular processes by targeting key proteins like p53 and E6AP. Recent research suggests that the host cell chaperone, glucose-regulated protein 78 (GRP78), plays a critical role in HPV infectivity through its interaction with the viral E6 and E7 proteins. Aim: This study aimed to identify small molecule inhibitors that could disrupt the interaction between E6 and cellular factors like E6AP, GRP78, and p53. Methods: A molecular docking protocol was employed to screen 115 small molecule compounds against three binding sites on HPV E6 responsible for interactions with the host cell proteins: E6AP, p53, and GRP78. Subsequently, molecular dynamics simulations and free energy calculations were performed on the top three complexes identified through docking. Results: The docking analysis revealed 18 compounds with promising binding affinities towards different binding sites on HPV E6, exhibiting lower free energies compared to the positive control, paclitaxel. Two compounds, hypericin and anabsinthin, emerged as the most effective candidates, demonstrating stable binding to HPV E6 throughout a 100 ns molecular dynamics simulation. The calculated average free energies for hypericin and anabsinthin were -18.76 kcal/mol and -14.40 kcal/mol, respectively. Both compounds formed stable complexes with the three binding sites primarily through hydrophobic interactions. Key residues responsible for stabilizing these ligands within the binding pockets of HPV E6 were identified as V31, Y32, V62, and Y70 (E6AP binding site), P13, C16, T22, I23, and A46 (p53 binding site), and M1, V31, L50, L67, and Q107 (GRP78 binding site).
520		3	_aفيروس الورم الحليمي البشري هو عامل مسبب لأنواع مختلفة من السرطان، وخاصة سرطان عنق الرحم. يقوم البروتين الورمي إي 6 بتعطيل العمليات الخلوية عن طريق استهداف البروتينات الرئيسية مثل بروتين إي 6 المرتبط ، بي .53 وتشير الأبحاث الحديثة إلى أن مرافق الخلية المضيفة، البروتين المنظم للجلوكوز جي أر بي 78 ، يلعب دورًا حاسمًا في عدوى فيروس الورم الحليمي البشري من خلال تفاعله مع البروتينات الفيروسية إي .6 تهدف هذه الدراسة إلى تحديد مثبطات من جزيئات صغيرة التي يمكن أن تعطل التفاعل بين تم استخدام مثل )بروتين إي 6 المرتبط ، بي 53، جي أر بي 78 .( إي 6 والعوامل الخلوية بروتوكول الالتحام الجزيئي لفحص 115 مركبًا جزيئيًا صغيرًا مقابل ثلاثة مواقع ربط على فيروس الورم الحليمي البشري إي 6 المسؤول عن التفاعلات مع بروتينات )بروتين إي 6 المرتبط ، بي 53، جي أر بي 78 ( وفي وقت لاحق، تم إجراء محاكاة الديناميكيات الجزيئية وحسابات الطاقة الحرة على المجمعات الثلاثة الأولى التي تم تحديدها من خلال الالتحام. كشف تحليل الالتحام عن 18 مركبًا ذات ارتباطات ربط واعدة تجاه مواقع ربط مختلفة على فيروس الورم الحليمي البشري إي 6، مما يُظهر طاقات حرة أقل مقارنةً بالتحكم الإيجابي، باكليتاكسيل. ظهر مركبان، هيبرسين و أنابسنثين ، كأكثر المرشحين فعالية، مما يدل على الارتباط المستقر لفيروس الورم الحليمي البشري إي 6 خلال محاكاة للديناميكيات الجزيئية سعرة -18.76 تبلغ 100 نانوثانية. كان متوسط الطاقات الحرة المحسوبة لكل من هيبرسين حرارية/مول، وفي حالة أنابسنثين 14.40- سعرة حرارية/مول، على التوالي. وقد شكل كلا المركبين روابط مستقرة مع مواقع الارتباط الثلاثة بشكل أساسي من خلال التفاعلات الكارهة للماء. و قد تم تحديد الأحماض الامينية المسئولة والمشاركة في هذا الإرتباط في كل موقع إرتباط.
530			_aIssues also as CD.
546			_aText in English and abstract in Arabic & English.
650		0	_aMolecular Biophysics
650		0	_aالفيزياء الحيوية
653		1	_aHuman Papilloma Virus _aE6 _aE6AP _aP53 _aGRP78 _aComputational Biophysics _aفيروس الورم الحليمي _aالإرساء الجزيئي للمركبات
700	0		_aMaha Anwar Ali _ethesis advisor.
700	0		_aAbdo A. Elfiky _ethesis advisor.
900			_b01-01-2025 _cMaha Anwar Ali _cAbdo A. Elfiky _UCairo University _FFaculty of Science _DDepartment of Biophysics
905			_aShimaa _eEman Ghareb
942			_2ddc _cTH _e21 _n0
999			_c178910