000			08362namaa22004571i 4500
003			EG-GICUC
005			20260416123407.0
008			260406s2025 ua a|||frm||| 000 0 eng d
040			_aEG-GICUC _beng _cEG-GICUC _dEG-GICUC _erda
041	0		_aeng _beng _bara
049			_aDeposit
082	0	4	_a616.01
092			_a616.01 _221
097			_aPh.D
099			_aCai01.08.06.Ph.D.2025.Am.A
100	0		_aAmr Ali Abass Hemeda, _epreparation.
245	1	0	_aAnalysis and characterization of herbivores’ gut metagenomes from the Egyptian community / _cby Amr Ali Abass Hemeda ; Supervision Dr. Aymen Samir Yassin, Dr. Mona Tawfik Kashef, Dr. Marwa Ali Tammam, Dr. Sara Ahmed Zahran.
246	1	5	_aتحليل و توصيف الميتاجينوم المعوي للحيوانات العشبية في البيئة المصرية
264		0	_c2025.
300			_a156 pages : _billustrations ; _c25 cm. + _eCD.
336			_atext _2rda content
337			_aUnmediated _2rdamedia
338			_avolume _2rdacarrier
502			_aThesis (Ph.D)-Cairo University, 2025.
504			_aBibliography: pages 106-148.
520		3	_aHerbivore gut microbiota play vital roles in fiber degradation of plant polysaccharides. This study presents a pioneer sequence-based metagenomic analysis of Egyptian herbivore gut microbiomes, aiming to identify novel carbohydrate-active enzymes (CAZymes) with industrial applications. Fecal samples (n = 9) from foregut fermenters (buffalo, camel, and sheep) and hindgut fermenters (horse) were sequenced using Illumina NextSeq 2K and analyzed for CAZyme diversity and microbial community composition. CAZymes with 80–90% sequence similarity were further validated using several databases to ensure accurate functional annotation. From these, a GH130 family member, AH2, was synthesized, cloned, expressed, and purified. AH2 displayed exclusive xylanase activity, with optimal activity at pH 5.6 and 50 °C, maintaining 62–72% activity across pH 4–10 and 77–86% activity between 30–70 °C. Docking studies identified Glu90 and Glu149 as key substrate-binding residues, and molecular dynamics simulations confirmed structural stability under optimal conditions. GH and GT classes dominated across all samples, with GH78 enriched in foregut fermenters, and GH108, GT1, and GT116 exclusively detected in hindgut fermenters. Microbiome profiling detected 114 OTUs across seven phyla, with hindgut fermenters dominated by Bacillota (~90%), while foregut fermenters were enriched in phylum Actinomycetota. Alpha diversity analyses showed significantly lower richness in foregut fermenters and particularly in camels. Community evenness also varied among host species, with camels exhibiting the lowest overall diversity, while beta diversity showed distinct clustering by fermentation type and host species. Statistical comparisons revealed significant enrichment of the phylum Bacillota in hindgut fermenters, whereas Pseudomonadota was more abundant in foregut fermenters. Interspecies analysis showed that Spirochaetota (notably Treponema) and Pseudomonadota were significantly enriched in sheep. LEfSe analysis identified Bacillota-derived taxa as key biomarkers for hindgut fermenters. This work provides metagenomic characterization of Egyptian herbivore gut microbiomes, exploring distinctive taxonomic and functional adaptations shaped by host digestion type and identifying AH2 as a novel, resilient GH130 xylanase with promising industrial applications.
520		3	_aتلعب البكتيريا المتعايشة في أمعاء الحيوانات العشبية دوراً محورياً في تحلل الألياف المكوّنة من الكربوهيدرات النباتية المعقدة. يعد هذا البحث أول تحليل ميتاجينومي معتمد على تسلسل البكتيريا المتعايشة في أمعاء الحيوانات العشبية في البيئة المصرية، بهدف تحديد إنزيمات جديدة من فئة الإنزيمات المسئولة عن تكسير الكربوهيدرات (CAZymes) ذات تطبيقات صناعية واعدة. تم جمع تسع عينات براز من حيوانات مجترة (الجاموس والجمال والخراف) وحيوانات غير مجترة (الخيول)، وتم التعرف على تسلسل الحمض النووي الخاص بها باستخدام Illumina NextSeq 2K، ثم تحليله للكشف عن تنوع إنزيمات الـ CAZymes وتوصيف المجتمع الميكروبي. تم التحقق من هوية إنزيمات CAZymes التي أظهرت تشابهاً بنسبة 80–90% مع مثيلاتها المتوفرة في العديد من قواعد البيانات العامة لضمان دقة التعريف الوظيفي. من بين هذه الإنزيمات، تم اختيار انزيم من عائلة GH130، أُطلق عليه AH2، حيث تم تخليقه واستنساخه وتنقيته. تميز إنزيم AH2 بنشاط زيلانيز حصري، وسجل أفضل نشاط عندالأس الهدروجيني 5,6 ودرجة حرارة 50 °م، كما حافظ على 62–72% من نشاطه في أس هيدروجيني بين 4 و 10، وعلى 77–86% من نشاطه بين 30–70 °م. وقد كشفت دراسات الالتحام الجزيئي عن دور الأحماض الأمينية Glu90 وGlu149 في التفاعل مع الركائز. أظهرت النتائج أن إنزيمات الجليكوسيد هيدرولاز (GH) والجيكوسيل ترانسفيراز (GT) كانتا الأكثر وفرة في جميع العينات، مع وجود GH78 أكثر وفرا في الحيوانات المجترة، بينما تميّزت الحيوانات الغير مجترة بوجود GH108 وGT1 وGT116 حصراً. أظهرت نتائج التوصيف الميكروبى للعينات عن وجود 114 OTUs تنتمي إلى سبعة شعب، حيث هيمنت شعبة Bacillota في الحيوانات الغير مجترة، بينما سُجّل إثراء ملحوظ لشعبة Actinomycetota في الحيوانات المجترة. أظهرت تحاليل التنوع ألفا انخفاضاً ملحوظاً في الغنى الميكروبي لدى الحيوانات المجترة، بينما أظهرت تحاليل التنوع بيتا تكتلاً واضحاً بحسب نوع الهضم وأنواع الحيوانات المختلفة. وأكدت المقارنات الإحصائية وجود إثراء لشعبة Bacillota في الحيوانات الغير مجترة، في حين كانت شعبة Pseudomonadota أكثر وفرة في الحيوانات المجترة. وكشفت تحاليل LEfSe عن كون الأنواع المشتقة من شعبة Bacillota مؤشرات حيوية رئيسية للحيوانات الغير مجترة. يعد هذا البحث توصيفاً ميتاجينومياً للبكتيريا المتعايشة في أمعاء الحيوانات العشبية في البيئة المصرية، كاشفاً عن تكيفات تصنيفية ووظيفية مميزة مرتبطة بنمط الهضم، وأكّد البحث أن AH2 يمثل إنزيم , مبتكراً من عائلة GH130 يتمتع بخصائص ثبات متميزة وتطبيقات صناعية واعدة.
530			_aIssues also as CD.
546			_aText in English and abstract in Arabic & English.
650		0	_aMicrobiology and Immunology
650		0	_aالميكروبيولوجيا و المناعة
653		1	_aCAZymes _aGH130 _aGut microbiome _aHerbivores _aMetagenomics _aXylanase _a(CAZymes) الإنزيمات المسئولة عن تكسير الكربوهيدرات _aالبكتيريا المتعايشة في الأمعاء
700	0		_aAymen Samir Yassin _ethesis advisor.
700	0		_aMona Tawfik Kashef _ethesis advisor.
700	0		_aMarwa Ali Tammam _ethesis advisor.
700	0		_aSara Ahmed Zahran _ethesis advisor.
900			_b01-01-2025 _cAymen Samir Yassin _cMona Tawfik Kashef _cMarwa Ali Tammam _cSara Ahmed Zahran _UCairo University _FFaculty of Pharmacy _DDepartment of Microbiology and Immunology
905			_aShimaa _eEman Ghareb
942			_2ddc _cTH _e21 _n0
999			_c179230