Antimicrobial Resistance Pattern And Molecular Characterization Of Virulence Factors Of Avian Pathogenic Escherichia Coli And Human Uropathogenic Escherichia Coli In Egypt /
Yasser Atef Mohamed,
Antimicrobial Resistance Pattern And Molecular Characterization Of Virulence Factors Of Avian Pathogenic Escherichia Coli And Human Uropathogenic Escherichia Coli In Egypt / أنماط المقاومة للمضادات الحيوية و التوصيف الجزيئى لعوامل ضراوة الايشيريشيا كولاى الممرضة للدواجن وايشيريشيا كولاى الممرضة لمجرى بول الانسان فى مصر / By Yasser Atef Mohamed; Under supervision of Prof. Dr. Mahmoud Dardiri Mohamed, Dr. Zeinab Said Ahmad, Dr. Heba Badr Mahmod. - 101 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (M.Sc.)-Cairo University, 2024.
Bibliography: pages 82-101.
Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) is a ubiquitous poultry disease affecting the global poultry industry's economics. APEC shares numerous similarities and commonalities in serotypes, phylogroups, virulence genes, disease patterns, in vivo transcriptome of murine urinary infection model and chicken challenge model with human uropathogenic E. coli (UPEC). The research aims to detect the shared virulence factors, antimicrobial resistance (AMR) patterns, and extended-spectrum β-lactamase between APEC and UPEC isolates from poultry and humans in Egypt.
Materials and Methods: Livers, lungs, hearts, and spleens of chicken carcasses were sampled from 35 poultry farms. In addition, a total of 17 human urine samples were collected. Isolation and identification were carried out using conventional methods and biochemical tests. The detection of shared virulence factors of UPEC and APEC by polymerase chain reaction PCR and sequencing. Antimicrobial susceptibility testing according to the Clinical Laboratory Standards Institute Guidelines was measured. Double-disk confirmation test was performed for the extended-spectrum β-lactamase test.
Results: twenty nine isolates were retrieved from 52 chicken organs and human urine samples (55.7%). The resistance rate for all isolates was Amoxicillin/clavulanic acid AMC (100%), AMP (93.1%), CAZ (89.7%), and CTX (82.8%). While CTR was (51.7%), NIT (34.5%), CN (24.1%), and COL (27.6%). Although APEC isolates showed AMC (100%), AMP (100%), CAZ (100%), CTX (94.4%), TE (94.4%), SXT(94.4%), C (100%), DO(88.9%), NA(88.9%), CIP(72.2%), CTR (83.3%), NIT (55.6%), GEN (33.3%), COL (38.9%). Only 15/29 (51.7%) of isolates showed ESBL-positive tests. In the present study, 28/29 (96.5%) E. coli isolates revealed multidrug resistance (MDR). The iss gene (20.69%) was the highest in frequency, other virulence genes papC, and vgrG1 were found lower (6.9% and 3.45% respectively).
Conclusion: APEC multidrug resistance high prevalence to all antibiotics for poultry contributes to therapeutic failure. In addition, it can act as a reservoir of human infection by multidrug-resistant pathogens. Furthermore, the results suggest the zoonotic potential of some APEC strains.
الخلفية والهدف: داء العصيات القولونية الإشريكية القولونية للطيور(APEC) هو مرض للدواجن واسع الانتشار يؤثر على اقتصاديات صناعة الدواجن العالمية. يهدف البحث إلى الكشف عن عوامل الضراوة المشتركة وأنماط مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) ومادة البيتا لاكتاماز واسعة النطاق بين معزولات APEC وUPEC من الدواجن والانسان في مصر.
المواد والطرق: أخذ خمس وثلاثين عينة من الكبد والرئتين والقلب والطحال من الدجاج التي يشتبه في إصابتها بأمراض الجهاز التنفسي المزمنة. وبالإضافة إلى ذلك، جمع سبعةعشر عينة بول بشرية تحتوي على صديد. إجري العزل والتعرف باستخدام الطرق التقليدية والاختبارات البيوكيميائية. و تقييم الكشف عن عوامل الضراوة المشتركة UPEC وAPEC بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR وعمل اختبار تسلسل النيوكلينيدات.. وقيس اختبار الحساسية للمضادات الحيوية. و إجري اختبار بيتا لاكتميز ممتد الطيف ESBL.
النتائج: استخرج تسعة وعشرين عزلة من اثنين و خمسين عينة من أعضاء دجاج وبول بشري. وكشف عن مقاومة المضادات الحيوية باختبار الحساسية.
AMC (100%)، AMP (93.1%)، (89.7%)CAZ ، (82.8%)CTX. TE (65.5%)، (62.1%),SXT(65.5%)،.DO(58.6%) NA(55.2%)فقط 15/29 (51.7٪) من العزلات أظهرت نتيجة إيجابية لاختبار ESBL. في الدراسة الحالية، أظهرت 28/29 (96.5%) معزولات مقاومة للأدوية المتعددة (MDR). كان جين iss ( 20.69%) هو الأعلى في التكرار، بينما وجدت جينات الضراوة الأخرى papC وvgrG1 أقل (6.9% و3.45% على التوالي).
Text in English and abstract in Arabic & English.
Veterinary medicine
Avian pathogenic E. coli colibacillosis, poultry human uropathogenic E. coli
636.089
Antimicrobial Resistance Pattern And Molecular Characterization Of Virulence Factors Of Avian Pathogenic Escherichia Coli And Human Uropathogenic Escherichia Coli In Egypt / أنماط المقاومة للمضادات الحيوية و التوصيف الجزيئى لعوامل ضراوة الايشيريشيا كولاى الممرضة للدواجن وايشيريشيا كولاى الممرضة لمجرى بول الانسان فى مصر / By Yasser Atef Mohamed; Under supervision of Prof. Dr. Mahmoud Dardiri Mohamed, Dr. Zeinab Said Ahmad, Dr. Heba Badr Mahmod. - 101 pages : illustrations ; 25 cm. + CD.
Thesis (M.Sc.)-Cairo University, 2024.
Bibliography: pages 82-101.
Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) is a ubiquitous poultry disease affecting the global poultry industry's economics. APEC shares numerous similarities and commonalities in serotypes, phylogroups, virulence genes, disease patterns, in vivo transcriptome of murine urinary infection model and chicken challenge model with human uropathogenic E. coli (UPEC). The research aims to detect the shared virulence factors, antimicrobial resistance (AMR) patterns, and extended-spectrum β-lactamase between APEC and UPEC isolates from poultry and humans in Egypt.
Materials and Methods: Livers, lungs, hearts, and spleens of chicken carcasses were sampled from 35 poultry farms. In addition, a total of 17 human urine samples were collected. Isolation and identification were carried out using conventional methods and biochemical tests. The detection of shared virulence factors of UPEC and APEC by polymerase chain reaction PCR and sequencing. Antimicrobial susceptibility testing according to the Clinical Laboratory Standards Institute Guidelines was measured. Double-disk confirmation test was performed for the extended-spectrum β-lactamase test.
Results: twenty nine isolates were retrieved from 52 chicken organs and human urine samples (55.7%). The resistance rate for all isolates was Amoxicillin/clavulanic acid AMC (100%), AMP (93.1%), CAZ (89.7%), and CTX (82.8%). While CTR was (51.7%), NIT (34.5%), CN (24.1%), and COL (27.6%). Although APEC isolates showed AMC (100%), AMP (100%), CAZ (100%), CTX (94.4%), TE (94.4%), SXT(94.4%), C (100%), DO(88.9%), NA(88.9%), CIP(72.2%), CTR (83.3%), NIT (55.6%), GEN (33.3%), COL (38.9%). Only 15/29 (51.7%) of isolates showed ESBL-positive tests. In the present study, 28/29 (96.5%) E. coli isolates revealed multidrug resistance (MDR). The iss gene (20.69%) was the highest in frequency, other virulence genes papC, and vgrG1 were found lower (6.9% and 3.45% respectively).
Conclusion: APEC multidrug resistance high prevalence to all antibiotics for poultry contributes to therapeutic failure. In addition, it can act as a reservoir of human infection by multidrug-resistant pathogens. Furthermore, the results suggest the zoonotic potential of some APEC strains.
الخلفية والهدف: داء العصيات القولونية الإشريكية القولونية للطيور(APEC) هو مرض للدواجن واسع الانتشار يؤثر على اقتصاديات صناعة الدواجن العالمية. يهدف البحث إلى الكشف عن عوامل الضراوة المشتركة وأنماط مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) ومادة البيتا لاكتاماز واسعة النطاق بين معزولات APEC وUPEC من الدواجن والانسان في مصر.
المواد والطرق: أخذ خمس وثلاثين عينة من الكبد والرئتين والقلب والطحال من الدجاج التي يشتبه في إصابتها بأمراض الجهاز التنفسي المزمنة. وبالإضافة إلى ذلك، جمع سبعةعشر عينة بول بشرية تحتوي على صديد. إجري العزل والتعرف باستخدام الطرق التقليدية والاختبارات البيوكيميائية. و تقييم الكشف عن عوامل الضراوة المشتركة UPEC وAPEC بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR وعمل اختبار تسلسل النيوكلينيدات.. وقيس اختبار الحساسية للمضادات الحيوية. و إجري اختبار بيتا لاكتميز ممتد الطيف ESBL.
النتائج: استخرج تسعة وعشرين عزلة من اثنين و خمسين عينة من أعضاء دجاج وبول بشري. وكشف عن مقاومة المضادات الحيوية باختبار الحساسية.
AMC (100%)، AMP (93.1%)، (89.7%)CAZ ، (82.8%)CTX. TE (65.5%)، (62.1%),SXT(65.5%)،.DO(58.6%) NA(55.2%)فقط 15/29 (51.7٪) من العزلات أظهرت نتيجة إيجابية لاختبار ESBL. في الدراسة الحالية، أظهرت 28/29 (96.5%) معزولات مقاومة للأدوية المتعددة (MDR). كان جين iss ( 20.69%) هو الأعلى في التكرار، بينما وجدت جينات الضراوة الأخرى papC وvgrG1 أقل (6.9% و3.45% على التوالي).
Text in English and abstract in Arabic & English.
Veterinary medicine
Avian pathogenic E. coli colibacillosis, poultry human uropathogenic E. coli
636.089