Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 216-274.

In a central position between breeder farms and poultry production houses,
hatcheries can pose risks to both hatchability and chick quality due to microbial
contamination and pathogen transmission. Additionally, it facilitates the spread of
antimicrobial-resistant (AMR) pathogens throughout the poultry industry. The
present study evaluated biosecurity practices, waste management protocols, and
their impact on hatching performance in four commercial poultry hatcheries in
Egypt. Samples (n=526) were collected from air, personnel hands, hatching eggs,
environmental surfaces, chick navels, and other key areas before and after
decontamination. Microbial enumeration revealed substantial contamination, with
floors, corners, chick navels, and personnel hands identified as critical control
points. Biosecurity compliance varied across facilities, with inconsistent
adherence to hygiene protocols. Three-quarters of hatcheries stored waste in
designated rooms, while one used a pressurized tank; all recycled egg cartons and
sold certain waste materials. Hatchability outcomes varied; only two hatcheries
exhibited acceptable fertility and hatchability rates, along with reduced embryonic
mortality and culling. Differences in incubation systems (single-stage vs multi-
stage) also influenced performance. The findings emphasized that robust
biosecurity programs, effective sanitation, and sustainable waste management can
markedly reduce microbial loads and improve chick viability. From a One Health
perspective, hatcheries also act as a dissemination point for antimicrobial-resistant
bacteria. Ten genera of Enterobacteriaceae were identified, with Klebsiella spp.
(30.84%) most prevalent, followed by Enterobacter spp. and Proteus spp. (each
18.94%), E. coli (10.57%), and others in lower proportions. Antimicrobial
susceptibility testing of 48 isolates revealed (100%) resistance to penicillin and
amoxicillin, high resistance to cefoxitin (62.5%) and cefotaxime (37.5%), and low
resistance to carbapenems, especially meropenem (4.2%). Colistin exhibited the
highest sensitivity (97.9%). Genotypic analysis detected widespread ESBL genes:
blaTEM (83.3%), blaCTX-M (79.2%), blaSHV (47.9%), and blaOXA-1 (43.8%).
Tetracycline resistance genes tetA and tetB were common, while tetC and tetD
were absent. In conclusion, the results highlight the urgent need for integrated
biosecurity measures in hatcheries, including targeted sanitation, efficient
incubation design, and sustainable waste management, with strict antimicrobial
monitoring. This will help prevent the spread of resistance genes from poultry
hatcheries to farms and the environment, supporting the One Health concept.

معامل التفريخ هيحلقة الاتصال الأساسية بين قطعان الأمهات ومزارع انتاج الطيور المختلفة. وعلى الرغم من دورها الحيوي في الحفاظ على إنتاجية قطعان الدواجن، فإنها قد تُعتبر مصدرا رئيسيا للتلوث الميكروبي ومخازن محتملة لانتقال مسببات الأمراض المختلفة، مما يؤثر بالسلب على نسب الفقس وجودة الكتاكيت المنتجة وقد تعمل كمصدرا للبكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية، مما يشكل تهديدًا لصحة الدواجن والحيوان والبيئة والإنسان أيضا في إطار نهج الصحة الواحدة.(One Health) في البحث الأول تم تقييم ممارسات الأمن الحيوي، وبروتوكولات إدارة المخلفات في أربعة من معامل تفريخ الدواجن التجارية، وتأثير هذه الممارسات على نسب الفقس والحالة الصحية لهذه المعامل. ولذلك تم جمع 526 عينة تشمل عينات من الهواء، وأيدي العاملين، وبيض التفريخ، والأسطح البيئية المختلفة، وسُرَة الكتاكيت قبل وبعد اجراء عمليات التطهير طبقا لبرامج الأمن الحيوي المتبعة في هذه المعامل. أظهرت نتائج الفحص الميكروبي وجود تلوث نسبى ملحوظ، حيث حُددت الأرضيات والزوايا وسُرَة الكتاكيت وأيدي العاملين كنقاط تحكم حرجة. كما أظهرت النتائج تباين مدى الالتزام ببرامج الأمان الحيوي بين معامل التفريخ المختبرة، مع ملاحظة عدم الانتظام في تطبيق بروتوكولات النظافة العامة. أما بالنسبة للمخلفات فلقد قامت ثلاث معامل فقط من الأربع بتخزين المخلفات في غرف مخصصة، بينما استخدم معمل واحد فقط خزانًا مضغوطًا، وأعادت جميع المعامل استعمال أطباق جمع بيض التفريخ وقامت ببيع بعض المخلفات الأخرى.اختلفت نتائج الفقس؛ حيث سجل اثنان من المعامل فقط معدلات خصوبة وفقس مقبولة نسبيا، مع انخفاض في نسب نفوق الأجنة والكتاكيت الفرزة. كما أثر اختلاف أنظمة التحضين المتبعة (أحادية المرحلة مقابل متعددة المراحل) على الأداء الإنتاجي بشكل عام. وأكدت النتائج أن التطبيق الحاسم لبرامج الأمن الحيوي، واتباع الاجراءات الفعالة للتطهير، والادارة المستدامة للمخلفات، يؤدى الي انخفاض المحتوى الميكروبي ويعزز من نتائج الفقس. وفى البحث الثاني وفى إطار نهج "الصحة الواحدة" (One Health)، حيث تعتبر معامل التفريخ مصدرا لانتشار للبكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية، تم عزل عشرة أصناف من بكتيريا Enterobacteriaceae، كان أكثرها شيوعًا Klebsiella spp. (30.84%)،ثمEnterobacter spp. وProteus spp. بنفس النسبة 18.94% لكل منهما ثم E. coli(10.57%)، وأصناف أخرى بنسب أقل. وقد أظهر اختبار الحساسية للمضادات لـ 48 عزلة مقاومة كاملة (100%) للبنسلين والأموكسيسيلين، ومقاومة مرتفعة للسيفوكسيتين (62.5%) والسيفوتاكسيم (37.5%)، ومقاومة منخفضة للكاربابينيمات، خاصة الميروبينيم (4.2%). أظهر الكوليستين أعلى نسبة حساسية (97.9%). كما كشف التحليل الجيني انتشارًا واسعًا لجينات ESBLs: blaTEM (83.3%)، blaCTX-M (79.2%)، blaSHV (47.9%)، وblaOXA-1 (43.8%). وكانت جينات مقاومة التترا سيكلين tetAو tetB شائعة، بينما غابت tetCوtetD. وقد خلصت الدراسة أن التطبيق الجيد لبرامج الأمن الحيوي الشاملة والتي تتضمن اتباع الطرق الصحية الفعالة لإزالة الملوثات والإدارة المستدامة للمخلفات يؤدى الى انخفاض الحمل الميكروبي كما يعزز من نتائج الفقس ونوعية الكتاكيت المنتجة ويحد من أخطار مقاومة الميكروبات للمضادات الحيوية المختلفة، ويساهم في توفير بيئة أكثر أمانًا وكفاءة لإنتاج الدواجن ويحافظ على صحة الانسان والحيوان والبيئة مما يحقق ويتفق مع مفهوم الصحة الواحدة.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.