Thesis (M.Sc)-Cairo University, 2025.

Bibliography: pages 123-143.

Part 1
The cyclocondensation reaction of precursor 1-(1H-benzo[d]imidazol-2-yl)guanidine and the proper bis aldehydes via base-catalyzed cyclization methodology successfully yielded bis(benzo[4,5]imidazo[1,2 a][1,3,5]triazines) linked to phenoxymethyl moieties tethered aliphatic and aromatic spacers. In most cases, we were able to isolate the non-oxidized form, whereas in few cases we isolated the oxidized constitutions. The antibacterial activity was evaluated for these bis-compounds 5a-c, and 6d,e bearing aliphatic spacer, 10a,b bearing phenyl spacer, 12 bearing naphthyl spacer, in addition to 16 linked by phenoxy group using the serial dilution method to investigate the MIC (minimum inhibitory concentration) against different bacterial strains, where most of the compounds revealed a promising antibacterial effect against these strains, and our results were confirmed by molecular docking of these compounds with unique proteins.
Part 2
A new series of bis(1,3,4a,9-tetraza-4H-fluoren-2-amine) derivatives (BTFAs) featuring aliphatic or piperazine linkers was successfully produced through a base-catalyzed cyclocondensation of 1-(1H benzo[d]imidazol-2-yl)guanidine with the corresponding bis-aldehydes. The compounds were evaluated against Gram-positive and Gram-negative bacterial strains. Of the synthesized derivatives, compound 14 exhibited the most potent antibacterial activity, showing a minimum inhibitory concentration (MIC) of 3.9 µg/mL and a remarkable selectivity index (SI = 70.5) against Enterococcus faecalis and Proteus vulgaris. Moreover, compound 7 showed strong enzyme inhibition with the lowest IC₅₀ value (7.95 ± 0.03 µg/mL) against MurE ligase, a crucial bacterial enzyme that plays a role in peptidoglycan biosynthesis. Molecular docking analyses indicated promising binding affinities (−6 to −10 kcal/mol) for various essential bacterial proteins.

الجزء الأول أدّى تفاعل التكاثف الحلقي للمادة الأولية 1-(1H-benzo[d]imidazol-2-yl)guanidine مع الألدهيدات الثنائية المناسبة عبر منهجية الحلقة المحفزة بالقاعدة إلى الحصول بنجاح على مركبات bis(benzo[4,5]imidazo[1,2-a][1,3,5]triazines) المرتبطة بمجموعات فينوكسي ميثيل المتصلة بفواصل أليفاتية وعطرية. في معظم الحالات تمكّنا من عزل الشكل غير المؤكسد، بينما في حالات قليلة عُزلت التراكيب المؤكسدة. تم تقييم النشاط المضاد للبكتيريا لهذه المركبات الثنائية 5a-cو6d,e الحاوية على فواصل أليفاتية، و10a,b الحاوية على فواصل فينيلية، و12 الحاوية على فاصل نفثيلي، بالإضافة إلى المركب 16 المرتبط بمجموعة فينوكسي، باستخدام طريقة التخفيف التسلسلي لدراسة التركيز المثبط الأدنى (MIC) ضد سلالات بكتيرية مختلفة. وقد أظهرت معظم المركبات تأثيرًا واعدًا ضد هذه السلالات، كما تم تأكيد نتائجنا من خلال الالتحام الجزيئي لهذه المركبات مع بروتينات مميزة. الكلمات
. الجزء الثاني تم بنجاح تحضير سلسلة جديدة من مشتقات bis(1,3,4a,9-tetraza-4H-fluoren-2-amine) (BTFAs) التي تحتوي على روابط أليفاتية أو روابط بيبيرازين، وذلك عبر تفاعل التكاثف الحلقي المحفز بالقاعدة بين 1-(1H-benzo[d]imidazol-2-yl)guanidine والألدهيدات الثنائية المناسبة.تم تقييم هذه المركبات ضد سلالات بكتيرية موجبة وسالبة الغرام. من بين المشتقات المُحضَّرة، أظهر المركب 14 أعلى نشاط مضاد للبكتيريا، حيث حقق تركيزًا مثبطًا أدنى (MIC) قدره 3.9 ميكروغرام/مل، ومؤشر انتقائية ملحوظ (SI = 70.5) ضد Enterococcus faecalis وProteus vulgaris.بالإضافة إلى ذلك، أظهر المركب 7 تثبيطًا قويًا للإنزيمات، حيث حقق أقل قيمة (7.95 ± 0.03 ميكروغرام/مل) IC₅₀ ضد إنزيم MurE ligase، وهو إنزيم بكتيري أساسي يلعب دورًا في تخليق الببتيدوغليكان. كما أشارت دراسات الالتحام الجزيئي إلى وجود قدرات ارتباط واعدة تتراوح بين (-6 إلى -10 kcal/mol) مع عدة بروتينات بكتيرية أساسية.

Issues also as CD.

Text in English and abstract in Arabic & English.